VNL-ATK计算的输入文件是一个 Python（什么是Python语言？）格式的计算脚本（Script），文件通常命名为“*.py”。计算脚本中通常包含两个部分：模型的几何结构信息；要进行的计算流程。

VNL中提供的Script Generator是创建计算脚本的最佳方式，使用这个方法可以快速的设置计算。

在设置计算并保存脚本时，可以有两个详细程度“”和“Show Default”，它们的区别是：

• “Minimal”：仅在脚本中写入用户手动调整的、与默认值不同的参数；
• “Show Default”：将所有计算中涉及的参数与默认值都写入脚本，方便用户了解默认值的情况。

在计算的效果上，这两种方法生成的脚本不会有差别。

VNL-ATK将所有计算结果的详细数据都保存在一个NetCDF文件中，文件的扩展名默认为“.nc”。

• nc文件是二进制文件，其中的数据可以在VNL图形界面中查看，无法用文本编辑器打开。
• nc文件中的数据除了在VNL直接查看并可视化之外，还可以使用VNL-ATK 提供的Python工具读取并导出。

VNL-ATK会将计算过程的概要信息输出到标准输出。用户可以将log信息重定向至指定的文件，以备查看。log文件中通常包含重要的提示、警告和错误信息，对于判断计算过程是否正常十分重要。

和很多其他的计算模拟工具一样，VNL-ATK提供了一整套方便易用的工具，涵盖模型构建、计算设置、计算任务提交和管理、结果分析与可视化等所有必备的功能。

基本步骤：

1. 使用Builder进行模型构建；
2. 使用Script Generator与Script Editor进行计算设置；
3. 使用Job Manager进行计算任务提交和管理；
4. 使用LabFloor和Analyzer进行结果分析与可视化。

如果用户已经对某一模型进行过一些计算，而在之后的研究中想使用同样的方法继续分析其他的性质，则可以选择使用“Analysis from File”的功能，不必重新设置计算。这样做有几个好处（尤其是对DFT计算而言）：

• 不再需要Master License：在已有计算结果文件基础上，计算分析其他性质不需要Master License。这样用户始终可以将珍贵的Master License用于新的计算。实际上，在整个DFT计算的过程中，只有包含自洽过程的计算步骤才需要Master License。
• 可以在客户端的VNL上完成：由于不需要Master license，而且分析计算的计算量通常不大，用户可以在安装有VNL图形界面的本地机器上完成计算，不必提交到服务器上排队，更加便捷。用户申请的学术免费版VNL图形界面也可以进行这种分析计算。