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--- atk:使用job_manager向本地计算机上提交作业 [2019/04/20 11:31] – [计算作业类型] dong.dong
+++ atk:使用job_manager向本地计算机上提交作业 [2023/07/27 12:09] (当前版本) – [终止正在进行的计算] fermi
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 本文介绍在本地计算机上提交计算。
-<WRAP center tip 80%>
+<WRAP center tip 100%>
 ==== 注意 ====
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 ===== 本地机计算队列 =====
-在安装好QuantumATK时，软件自动创建本地计算队列（Local）。将作业提交到Local队列即在本地计算机上进行计算。本地作业也支持排队计算，即一个计算完成才开始下一个计算。要实现排队请进行如下设置：
+在安装好QuantumATK时，软件自动创建本地计算队列（Local）。将作业提交到 Local 队列即在本地计算机上进行计算。在Local队列进行计算时，可以手动开始计算：
-{{ :atk:localqueueenabling.png?direct&600 |}}
+{{ :atk:capture_20230725154240114.jpg?800 |}}
-同时关闭自动运行，即不要按下下图所示按钮：
+也可以选择自动开始计算，并设置根据硬件资源情况选择同时可以运行的作业个数：
-{{ :atk:localqueue-autorun.png?direct&600 |}}
+{{ :atk:capture_20230725154838119.jpg?800 |}}
-将要进行计算的多个作业作业提交到Local队列（不要选择自动运行），手动开始运行第一个作业，则后续的作业即可自动顺序完成。
+提交作业数超出时自动排队计算。
+===== 设置并提交计算作业 =====
+打开一个 project 或者创建一个新的 project，设置一个新的计算脚本。
-用户可以使用Machine Manager定义多个本地计算队列，例如一个设置为串行，一个设置为MPI并行。
+将此脚本拖动到''Job Manager''上，选择 local 队列，即跳出作业提交设置，以下是一个典型的并行计算设置：
-在Job Manager中点击图标打开Machine Manager，点击New->Local，在弹出的窗口中设置计算队列的属性（下图设置一个默认为MPI并行的计算队列）：
+{{ :atk:capture_20230725155709885.jpg?800 |}}
-{{ :atk:jm_20.png?400 |}}
-{{ :atk:jm_20_2.png?400 |}}
-===== 计算作业设置 =====
+=== 作业类型 ===
-创建一个新的project，设置一个新的计算脚本。
-将此脚本拖动到''Job Manager''上，选择一个local 队列。
+  * ''Serial''（串行）：仅使用一个进程运行作业
-{{ :atk:jm_1.png?500 |}}
+  * Threading（多线程）：QuantumATK可以使用 Intel [[https://software.intel.com/en-us/intel-mkl|MKL]] 的 [[http://openmp.org/wp/|openMP]] 多线程运行计算。
-计算作业的状态是“pending”，点击''Job Settings''图标，可以编辑作业的设置。
+  * MPI并行：**对于多数计算计算，我们推荐 MPI 并行，这可以大大提高了计算效率。** 新版的QuantumATK内置并行计算支持，可以直接使用。
-{{ :atk:jm_2.png?500 |}}
-''Job Settings''界面主要包括三个部分：
-  * Job Type（作业类型）
-  * Job properties（任务属性）
-  * MPI settings（MPI并行设置）
-作业类型可选：
-  * ''Serial''（串行）：仅使用一个物理核心运行作业
+点击 ''Add'' 按钮，计算作业的状态是“pending”，此时点击上方的 Edit 图标，仍然可以编辑作业的设置。
-  * Threading（多线程）：QuantumATK可以使用Intel [[https://software.intel.com/en-us/intel-mkl|MKL]] 中的 [[http://openmp.org/wp/|openMP]] 多线程。
-  * MPI并行：**对于多数计算计算，我们推荐MPI并行，这可以大大提高了计算效率。** 新版的QuantumATK内置并行计算支持，可以直接使用。
+{{ :atk:capture_20230725160032705.jpg?800 |}}
-例如提交MPI并行计算时，选择MPI Parallel方式（即在Job Settings中选择Multiprocess parallel），输入合适的进程数：
+设置完成后，点击上方按钮栏的开始''Start the jobs''按钮，开始计算。
-{{ :atk:localqueuempirun.png?direct&600 |}}
-点击''OK''设定作业性质。
-回到''Job Manager''，右侧表中列出了所有计算执行的设置细节：
+回到''Job Manager''，中间栏列出了作业的状态，开始运行时，右侧栏显示计算过程日志。
-  * QuantumATK的可执行文件路径；
-  * Python脚本和log文件的名字；
-  * 作业模式（mode）为serial，核数（processors）为1，线程数为1，等等。
-{{ :atk:jm_10.png?500 |}}
+{{ :atk:capture_20230725160952623.jpg?600 |}}
-===== 开始执行计算作业 =====
+要终止计算，点击中间栏下方的 ''Stop execution'' 按钮。
-回到''Job Manager''，点击''Run''（运行）图标开始执行计算作业。作业状态从“Pending”到“Running”。
+===== 监控计算作业 =====
-{{ :atk:jm_4.png?500 |}}
-===== 查看计算过程和系统负载 =====
+Job Manager右侧栏会显示计算过程日志，便于我们监控计算流程是否正常运行。
+==== 查看系统负载 ====
-计算作业执行过程中 task state不断变化“Finished”。点击LOG图标可以查看作业日志。
-{{ :atk:jm_5.png?500 |}}
-{{ :atk:jm_6.png?500 |}}
-在计算过程中查看系统负载和进程情况，可以看到一个atkpython进程运行，但同时有多个核被占用。这表明任务被分解成多个线程分发在不同的核上。
+在计算过程中，使用 Windows 下的任务管理器或 Linux 终端的''top''查看系统负载和进程情况。
-{{ :atk:jm_14.png?450 |}}
-{{ :atk:jm_15.png?450 |}}
+{{ :atk:capture_20230727101451911.jpg?800 |}}
-<WRAP center round info 90%>
-在计算的过程中，可以查看系统的负载，从下图看到，可以看到串行计算仅使用一个CPU核：
-{{ :atk:jm_8.png?500 |}}
-尽管计算只使用了一个核，但是计算可能从一个硬件的一个核转移到另一个核。
-{{ :atk:jm_9.png?500 |}}
-</WRAP>
-===== 重新提交计算 =====
-使用“Resubmit”按钮可以重新提交计算脚本。在此之前如果修改了计算脚本，则重新提交计算会应用这些更改。
-{{ :atk:jm_11.png?500 |}}
-<WRAP center round info 90%>
-默认的计算作业类型（Type）为“多线程”（Threaded），如果想选择“Serial”或“Multiprocess parallel”应在启动计算之前。
-</WRAP>
 ===== 终止正在进行的计算 =====
-要停止正在进行的计算，可以在Job Manager里点击“stop execution of job”。然而，这可能并不会终止正在进行的后台计算。需要用户手动结束进程。
+要停止正在进行的计算，可以在Job Manager里点击“stop execution of job”，显示完成后，可以再次查看任务管理器或top命令结果。
 ===== 删除队列中的计算作业 =====
-使用“Trash”按钮可以删除队列里的作业，正在执行的计算作业请先终止再删除，删除计算作业不会删除任何与作业相关的文件。
+使用上方''Delete''按钮可以删除队列里的作业，正在执行的计算作业请先终止再删除，删除计算作业不会删除任何与作业相关的文件。
-{{ :atk:jm_12.png?500 |}}

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