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atk:使用job_manager向本地计算机上提交作业

使用Job Manager向本地计算机上提交作业

最新版的 QuantumATK NanoLab 提供了功能灵活的Job Manager,可以配置实现:

  • 作业排队、运行、管理;
  • 管理本地计算机、远程的计算用服务器。

本文介绍在本地计算机上提交计算。

注意

  • 这里本地计算机的含义是“启动NanoLab图形界面的计算机”。
  • 如果需要了解在远程计算机(即 NanoLab 运行的计算机与运行QuantumATK的计算的服务器不同)上,请参考:

本地机计算队列

在安装好QuantumATK时,软件自动创建本地计算队列(Local)。将作业提交到Local队列即在本地计算机上进行计算。本地作业也支持排队计算,即一个计算完成才开始下一个计算。要实现排队请进行如下设置:

同时关闭自动运行,即不要按下下图所示按钮:

将要进行计算的多个作业作业提交到Local队列(不要选择自动运行),手动开始运行第一个作业,则后续的作业即可自动顺序完成。

用户可以使用Machine Manager定义多个本地计算队列,例如一个设置为串行,一个设置为MPI并行。

在Job Manager中点击图标打开Machine Manager,点击New→Local,在弹出的窗口中设置计算队列的属性(下图设置一个默认为MPI并行的计算队列):

计算作业设置

创建一个新的project,设置一个新的计算脚本。

将此脚本拖动到Job Manager上,选择一个local 队列。 计算作业的状态是“pending”,点击Job Settings图标,可以编辑作业的设置。 Job Settings界面主要包括三个部分:

  • Job Type(作业类型)
  • Job properties(任务属性)
  • MPI settings(MPI并行设置)

作业类型可选:

  • Serial(串行):仅使用一个物理核心运行作业
  • Threading(多线程):QuantumATK可以使用Intel MKL 中的 openMP 多线程。
  • MPI并行:对于多数计算计算,我们推荐MPI并行,这可以大大提高了计算效率。 新版的QuantumATK内置并行计算支持,可以直接使用。

例如提交MPI并行计算时,选择MPI Parallel方式(即在Job Settings中选择Multiprocess parallel),输入合适的进程数:

点击OK设定作业性质。

回到Job Manager,右侧表中列出了所有计算执行的设置细节:

  • QuantumATK的可执行文件路径;
  • Python脚本和log文件的名字;
  • 作业模式(mode)为serial,核数(processors)为1,线程数为1,等等。

开始执行计算作业

回到Job Manager,点击Run(运行)图标开始执行计算作业。作业状态从“Pending”到“Running”。

查看计算过程和系统负载

计算作业执行过程中 task state不断变化“Finished”。点击LOG图标可以查看作业日志。

在计算过程中查看系统负载和进程情况,可以看到一个atkpython进程运行,但同时有多个核被占用。这表明任务被分解成多个线程分发在不同的核上。

在计算的过程中,可以查看系统的负载,从下图看到,可以看到串行计算仅使用一个CPU核: 尽管计算只使用了一个核,但是计算可能从一个硬件的一个核转移到另一个核。

重新提交计算

使用“Resubmit”按钮可以重新提交计算脚本。在此之前如果修改了计算脚本,则重新提交计算会应用这些更改。

默认的计算作业类型(Type)为“多线程”(Threaded),如果想选择“Serial”或“Multiprocess parallel”应在启动计算之前。

终止正在进行的计算

要停止正在进行的计算,可以在Job Manager里点击“stop execution of job”。然而,这可能并不会终止正在进行的后台计算。需要用户手动结束进程。

删除队列中的计算作业

使用“Trash”按钮可以删除队列里的作业,正在执行的计算作业请先终止再删除,删除计算作业不会删除任何与作业相关的文件。

atk/使用job_manager向本地计算机上提交作业.txt · 最后更改: 2019/04/20 11:32 由 dong.dong

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