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adf:xps

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adf:xps [2019/03/28 10:38] – [2,$E_{Hole}$计算参数设置] liu.junadf:xps [2020/12/02 14:25] (当前版本) – 移除 liu.jun
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-======如何计算XPS====== 
-文献资料:[[http://aip.scitation.org/doi/10.1063/1.4974841|C. Grazioli, O. Baseggio, M. Stener, G. Fronzoni, M. de Simone, M. Coreno, A. Guarnaccio, A. Santagata, and M. D’Auria, Study of the electronic structure of short chain oligothiophenes, J. Chem. Phys. 146, 054303 (2017)]] 
- 
-XANES和EXAFS研究的是内层电子激发到空轨道,而XPS是内层电子激发到真空中,脱离分子。因此实际上计算思路是:计算该分子的单点,得到能量$E_{SP}$;去掉一个要被激发的电子(例如内层1S电子),计算该分子的能量$E_{Hole}$。$E_{Hole}$-$E_{SP}$即对应的XPS峰位置。 
- 
-[[https://www.jianguoyun.com/p/DUP-OdIQmZ2ZBhjCz6wB|下文计算输入、输出文件下载(点击)]] 
-====注意:==== 
-  * 因为内层电子运动速度很大,因此相对论效应很强,需要使用相对论方法Scalar 
-  * 除了希望计算XPS的那个原子,其他原子需要使用冻芯近似,这样才能更方便地去掉内层需要被激发的那个电子 
-  * 需要将计算XPS的那个原子单独设置为一个分区,专门为它指定不冻芯基组,这样便于去掉其内层需要被激发的那个电子 
- 
-下面我们以文献中的噻吩为例,计算结果与文献中的数据对照。 
-{{ :adf:xps01.png?150 }} 
- 
-=====一、$C_1$的1S电子对应的XPS峰===== 
-====1,$E_{SP}$计算参数设置===== 
-这里我们选择BP泛函,并选择相对论方法Scalar,因为关心总能量的数值,因此基组设置的较大(TZP),并设置冻芯级别为Small(注意不能选择None) 
- 
-{{ :adf:xps02.png?600 }} 
- 
-将$C_1$原子设置为一个分区,设置方法参考:[[adf:creatregion]] 
- 
-{{ :adf:xps03.png?600 }} 
- 
-单独为$C_1$原子设定高精度基组、并设定不冻芯(必须设定为不冻芯) 
- 
-{{ :adf:xps04.png?600 }} 
- 
-保存任务,提交作业。计算完毕后,在logfile尾部可以看到Bond Energy: 
-<code bash> 
-<Mar27-2019> <12:42:52>   Bond Energy          -1.94825681 a.u. 
-<Mar27-2019> <12:42:52>   Bond Energy         -53.01476523 eV 
-<Mar27-2019> <12:42:52>   Bond Energy       -1222.55       kcal/mol 
-</code> 
-这就是$E_{SP}$。 
- 
-另外我们通过SCM → Output → Properties → Orbital Energies per Irrep查看能级,可以看到AA不可约表示总共28个电子,AAA不可约表示总共8个电子。我们需要激发出去的内层电子,可以在SCM → Level里面看看,例如本文中能量最低的那个轨道对应的实际上是$C_1$的1s轨道,因为其他C的1s轨道被冻结起来了,这里不会显示出来,其编号为1 AA: 
- 
-{{ :adf:xps07.png?600 }} 
- 
-因此,我们如果要激发的就是AA不可约表示的第1个轨道的电子到真空中去,后面的计算需要这个信息。 
-====2,$E_{Hole}$计算参数设置===== 
-在上一步的基础上,修改参数如下: 
-因为去掉了AA不可约表示的第1个电子,所以体系带一个正电,自旋极化(未配对电子数)为1,同时需要勾选Unrestricted: 
- 
-{{ :adf:xps05.png?600 }} 
- 
-使用Occupations关键词,设定电子占据方式: 
-{{ :adf:xps06.png?600 }} 
- 
-输入内容: 
-<code bash> 
-OCCUPATIONS 
-AA 14   // 0 13  
-AAA 4   // 4  
-END 
-</code> 
-表示AA不可约表示α自旋14个电子依次填充在最低的14个轨道,β电子第一个轨道是空的,往上的13个轨道各占据1各电子;AAA不可约表示α和β各4各电子从低到高依次填充。这样相当于AA不可约表示的第1个轨道的电子被激发到真空中去了。 
- 
-保存任务,并运算,logfile尾部: 
-<code bash> 
-<Mar27-2019> <12:37:56>   Bond Energy           8.72989764 a.u. 
-<Mar27-2019> <12:37:56>   Bond Energy         237.55260141 eV 
-<Mar27-2019> <12:37:56>   Bond Energy        5478.09       kcal/mol 
-</code> 
-这就是$C_1$的$E_{Hole}$。 
- 
-$E_{Hole}$ - $E_{SP}$ = 237.55260141 eV - (-53.01476523 eV) = 290.56736664 eV,文献中实验值为290.60 eV 
-=====二、$C_2$的1S电子对应的XPS峰===== 
-类似计算得到$C_2$的XPS峰值:290.2948717 eV,文献中为90.35 eV。文献中实验位移量为0.25 eV,这里我们计算得到0.27 eV。 
  
adf/xps.1553740735.txt.gz · 最后更改: 2019/03/28 10:38 由 liu.jun

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