adf:viscositycosmo-rs

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--- adf:viscositycosmo-rs [2023/04/24 17:04] – 创建 liu.jun
+++ adf:viscositycosmo-rs [2023/05/31 19:34] (当前版本) – [使用图形界面简单计算粘度性质] liu.jun
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 ======使用QSPR预测液体粘度、蒸汽压，以及三相点温度、合成难易程度、溶度参数、等张比容、介电常数等=====
+=====使用图形界面简单计算粘度性质=====
   - 在AMSinput中创建液体单分子结构，使用右下角齿轮（也可以右键点击齿轮，选择Mopac）初步优化
   - ADF模块选择参数：TASK → COSMO-RS Compound，保存并提交作业，运行完毕将生成*.coskf文件
@@ 行 6: / 行 7: @@
   - 点击Run按钮，右侧将生成性质列表，例如
 {{ :adf:viscosity0002.png?850 }}
+这里粘度的单位是Pa s，液态蒸气压单位为bar。其他单位参考资料：https://www.scm.com/doc/COSMO-RS/Property_Prediction.html#available-properties
+=====使用Python脚本预测不同温度下的粘度=====
+{{ :adf:cal_vis.zip |脚本下载后需解压}}
+脚本内容如下：
+<code>
+import pyCRS
+import matplotlib.pyplot as plt
+mol = pyCRS.Input.read_smiles("CCCCCCO")
+prop_name = 'liquidviscosity'
+pyCRS.PropPred.estimate(mol, temperatures=list(range(290,340,5)))
+print("Results:", mol.properties_tdep[prop_name])
+T=[293.15,298.15,303.15,308.15,313.15,318.15,323.15,328.15]
+vis_exp=[5.35,4.55,3.90,3.36,2.91,2.54,2.33,1.97]
+vis_exp=[x*1e-3 for x in vis_exp]
+#data from https://doi.org/10.1021/je501133u
+x,y = mol.get_tdep_values(prop_name)
+unit = pyCRS.PropPred.units[prop_name]
+plt.plot(x,y,'-',markerfacecolor='none',label='PropPredction')
+plt.plot(T,vis_exp,'o',markerfacecolor='none',label='Exp')
+plt.ylabel(f"vapor pressure ({unit})")
+plt.xlabel("Temperature (K)")
+plt.legend()
+plt.show()
+</code>
+====使用方法====
+用户可以修改：
+  * 第3行的smiles：CCCCCCO为需要计算的分子的SMILES
+  * 第5行range(290,340,5)为生成的曲线的横坐标范围
+  * 第7行为温度列表，用户自行输入关心的温度
+  * 注释掉plt.plot(T,vis_exp,'o',markerfacecolor='none',label='Exp')这一行(行首加#即可)，因为可能没有实验数据
+运行方式：AMSJobs进入该脚本所在文件夹（全路径中不能含中文空格）→ AMSjobs → Help → Command-Line → 输入sh回车 → 输入amspython cal_vis.py回车即可：
+{{ :adf:viscosity0003.png?700 }}

adf/viscositycosmo-rs.1682327093.txt.gz · 最后更改: 2023/04/24 17:04 由 liu.jun

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