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adf:submitfragment_lsf

这是本文档旧的修订版!


Linux系统中,片段分析如何使用run文件提交任务

流程:

  1. 保存任务时候,会生成N+1个任务,也就是有N个片段run文件,和1个超分子计算的run文件;
  2. 先分别提交N个片段计算的任务,和普通的任务提交方式一样,参考集群、超算:通过PBS、LSF或SLURM脚本提交任务、设定任务核数
  3. N个片段计算完成,得到TAPE21文件(或者*.t21文件),之后再提交整个体系计算的run文件,但需要事先对该文件进行修改:

如果正确地设置了片段,那么超分子计算的run文件,应该有类似如下的部分:

fragments
CO  CO.t21
Ni  Ni.t21
end

其中CO、Ni就是片段的名字,但是请注意

如果你没有对片段进行命名,那么片段的名字通常就叫Region_1、Region_2……,这个名字与Atoms的部分是一致的,例如:

至于后面的*.t21的命名,则无所谓。但需要与设置的片段确实对应上!

如果有N个片段,fragments与end之间就会有N行。

后面的*.t21就是前面计算完毕之后得到的对应的片段的*.t21文件。但在Linux中提交的时候,事实上需要将*.t21的路径也指明,否则程序并不知道你事先的片段计算得到的*.t21在什么地方。

比如CO.t21在/home/fermitech/example/CO/CO.t21,Ni.t21在/home/fermitech/example/Ni/Ni.t21,那么上面的部分就要做如下修改:

fragments
CO  /home/fermitech/example/CO/CO.t21
Ni  /home/fermitech/example/Ni/Ni.t21
end

之后保存run文件,然后提交该run文件即可。

adf/submitfragment_lsf.1489642746.txt.gz · 最后更改: 2017/03/16 13:39 由 liu.jun

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