这是本文档旧的修订版!
流程:
如果正确地设置了片段,那么超分子计算的run文件,应该有类似如下的部分:
fragments CO CO.t21 Ni Ni.t21 end
其中CO、Ni就是片段的名字,但是请注意:
如果你没有对片段进行命名,那么片段的名字通常就叫Region_1、Region_2……,这个名字与Atoms的部分是一致的,例如:
至于后面的*.t21的命名,则无所谓。但需要与设置的片段确实对应上!
如果有N个片段,fragments与end之间就会有N行。
后面的*.t21就是前面计算完毕之后得到的对应的片段的*.t21文件。但在Linux中提交的时候,事实上需要将*.t21的路径也指明,否则程序并不知道你事先的片段计算得到的*.t21在什么地方。
比如CO.t21在/home/fermitech/example/CO/CO.t21,Ni.t21在/home/fermitech/example/Ni/Ni.t21,那么上面的部分就要做如下修改:
fragments CO /home/fermitech/example/CO/CO.t21 Ni /home/fermitech/example/Ni/Ni.t21 end
之后保存run文件,然后提交该run文件即可。