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adf:simplestexample

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adf:simplestexample [2019/12/10 13:59] – liu.junadf:simplestexample [2019/12/18 20:05] (当前版本) – [第一步：创建模拟的模型] liu.jun
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   - 在盒子中，放入分子：点击图中所示的加号两次，这样可以导入两种分子。如果需要导入其他分子，多点几次加号就可以了。   - 在盒子中，放入分子：点击图中所示的加号两次，这样可以导入两种分子。如果需要导入其他分子，多点几次加号就可以了。
  
-{{:adf:hf03.png|}}+{{ :adf:hf03.png?650 }}
  
   - 如下图所示，在两个框中直接输入H<sub>2</sub>和F<sub>2</sub>，软件会自动搜到库中这两种分子结构，分别选择即可（注意，默认是100个分子，这个数字可以根据我们自己的需要任意修改）：   - 如下图所示，在两个框中直接输入H<sub>2</sub>和F<sub>2</sub>，软件会自动搜到库中这两种分子结构，分别选择即可（注意，默认是100个分子，这个数字可以根据我们自己的需要任意修改）：
  
-{{:adf:hf04.png|}}+{{ :adf:hf04.png?650 }}
  
-{{:adf:hf05.png|}}+{{ :adf:hf05.png?650 }}
  
 点击“Generate Molecules”，这样上面设置的两种分子就会产生到左边的窗口，如下图所示： 点击“Generate Molecules”，这样上面设置的两种分子就会产生到左边的窗口，如下图所示：
  
-{{:adf:hf06.png|}}+{{ :adf:hf06.png?650 }}
  
 **补充说明：** **补充说明：**
  
-如果输入的分子式，软件自带的库里面没有，那么就需要自己创建*.xyz文件，创建分子参考[[https://www.jianguoyun.com/p/DYMQkdsQmZ2ZBhiz-60C|建模：ADF模块分子的基本建模功能演示（视频）]]；创建完毕之后，在ADFinput窗口点击菜单栏File > Export Coordinates，如此将该分子结构保存成某个名字为*.xyz的文件。要记住保存的位置，便于后面导入分子的时候，找到这个分子的xyz文件。+如果输入的分子式，软件自带的库里面没有，那么就需要自己创建*.xyz文件，创建分子建模的操作，参考：[[adf:buildmodel|AMS软件建模教程]]；创建完毕之后，在ADFinput窗口点击菜单栏File > Export Coordinates，如此将该分子结构保存成某个名字为*.xyz的文件。要记住保存的位置，便于后面导入分子的时候，找到这个分子的xyz文件。
  
 导入*.xyz文件的方式：点击如下窗口所示的按钮之后，选中前面保存的*.xyz文件即可。 导入*.xyz文件的方式：点击如下窗口所示的按钮之后，选中前面保存的*.xyz文件即可。
  
-{{:adf:hf07.png|}}+{{ :adf:hf07.png?650 }}
  
 =====第二步：设置分子动力学模拟的条件===== =====第二步：设置分子动力学模拟的条件=====
  
-{{:adf:hf08.png|}}+{{ :adf:hf08.png?650 }}
  
   * Task：任务类型，分子动力学模拟的话，选择Molecular Dynamics，结构优化的话选择Energy Minimization（或Geometry Optimization，不同版本名称不太一样），另外的选项不常用   * Task：任务类型，分子动力学模拟的话，选择Molecular Dynamics，结构优化的话选择Energy Minimization（或Geometry Optimization，不同版本名称不太一样），另外的选项不常用
行 56: 行 56:
 对于ReaxFF而言，结果文件中最重要的是*.rxkf，**一般而言，这个文件是所有结果文件中最大的那个。**具体如何查看可以参考[[adf:showresults|]]。ReaxFF最重要的结果在SCM LOGO > Movie中。本例的模拟结果如下图所示： 对于ReaxFF而言，结果文件中最重要的是*.rxkf，**一般而言，这个文件是所有结果文件中最大的那个。**具体如何查看可以参考[[adf:showresults|]]。ReaxFF最重要的结果在SCM LOGO > Movie中。本例的模拟结果如下图所示：
  
-{{:adf:最简单范例_398k下h2与f2的1:hf09.png|}}+{{ :adf:hf09.png?400 }}
  
 弹出分子列表的窗口，选中关心的分子：H<sub>2</sub>、F<sub>2</sub>、HF（注意ReaxFF模拟会产生很多中间体，这些中间体有的可能是我们关心的，有的可能是不关心的。例如2个H2分子的距离如果过近的话，程序会将其判断为一个分子——H<sub>4</sub>。简单的说，程序是通过原子间的距离来判断是否“成键”的） 弹出分子列表的窗口，选中关心的分子：H<sub>2</sub>、F<sub>2</sub>、HF（注意ReaxFF模拟会产生很多中间体，这些中间体有的可能是我们关心的，有的可能是不关心的。例如2个H2分子的距离如果过近的话，程序会将其判断为一个分子——H<sub>4</sub>。简单的说，程序是通过原子间的距离来判断是否“成键”的）
行 62: 行 62:
 选中之后，右边会出现选中的分子的个数变化曲线。 选中之后，右边会出现选中的分子的个数变化曲线。
  
-{{:adf:hf10.png|}}+{{ :adf:hf10.png?700 }}
  
 **注意：** **注意：**
adf/simplestexample.1575957574.txt.gz · 最后更改: 2019/12/10 13:59 由 liu.jun

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