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您的足迹: • ReaxFF-Molecule Sink：反应过程中清除指定产物 • 硅 p-n 结中的光电流 • 同位素掺杂碳纳米管的热电效应 • NEB方法研究Pt在Pt表面的扩散
adf:simplestexample

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adf:simplestexample [2019/05/29 16:40] – [第四步：结果文件] liu.junadf:simplestexample [2019/12/18 20:05] (当前版本) – [第一步：创建模拟的模型] liu.jun
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 打开ADFinput，切换到ReaxFF模块： 打开ADFinput，切换到ReaxFF模块：
  
-{{:adf:最简单范例_398k下h2与f2的1:hf01.png|}}+{{ :adf:hf01.png?650 }}
  
 =====第一步：创建模拟的模型===== =====第一步：创建模拟的模型=====
  
-  - 菜单栏点击Edit > Builder，设置Cell的尺寸（如下图所示则为30*30*30立方埃的一个立方盒子，当然尺寸可以根据自己的需要随意修改，但修改的时候要注意这影响着浓度，更详细的说明，可以参考[[adf:盒子的尺寸设置多大|]]） +  - 菜单栏点击Edit > Builder，设置Cell的尺寸（如下图所示则为30*30*30立方埃的一个立方盒子，当然尺寸可以根据自己的需要随意修改，但修改的时候要注意这影响着浓度、密度，更详细的说明，可以参考[[adf:盒子的尺寸设置多大|]]）
- +
-{{:adf:最简单范例_398k下h2与f2的1:hf02.png|}}+
  
   - 在盒子中，放入分子：点击图中所示的加号两次，这样可以导入两种分子。如果需要导入其他分子，多点几次加号就可以了。   - 在盒子中，放入分子：点击图中所示的加号两次，这样可以导入两种分子。如果需要导入其他分子，多点几次加号就可以了。
  
-{{:adf:最简单范例_398k下h2与f2的1:hf03.png|}}+{{ :adf:hf03.png?650 }}
  
   - 如下图所示，在两个框中直接输入H<sub>2</sub>和F<sub>2</sub>，软件会自动搜到库中这两种分子结构，分别选择即可（注意，默认是100个分子，这个数字可以根据我们自己的需要任意修改）：   - 如下图所示，在两个框中直接输入H<sub>2</sub>和F<sub>2</sub>，软件会自动搜到库中这两种分子结构，分别选择即可（注意，默认是100个分子，这个数字可以根据我们自己的需要任意修改）：
  
-{{:adf:最简单范例_398k下h2与f2的1:hf04.png|}}+{{ :adf:hf04.png?650 }}
  
-{{:adf:最简单范例_398k下h2与f2的1:hf05.png|}}+{{ :adf:hf05.png?650 }}
  
 点击“Generate Molecules”，这样上面设置的两种分子就会产生到左边的窗口，如下图所示： 点击“Generate Molecules”，这样上面设置的两种分子就会产生到左边的窗口，如下图所示：
  
-{{:adf:最简单范例_398k下h2与f2的1:hf06.png|}}+{{ :adf:hf06.png?650 }}
  
 **补充说明：** **补充说明：**
  
-如果输入的分子式，软件自带的库里面没有，那么就需要自己创建*.xyz文件，创建分子参考[[https://www.jianguoyun.com/p/Dfq5zjUQmZ2ZBhjprSc|建模：ADF模块分子的基本建模功能演示（视频）]]；创建完毕之后，在ADFinput窗口点击菜单栏File > Export Coordinates，如此将该分子结构保存成某个名字为*.xyz的文件。要记住保存的位置，便于后面导入分子的时候，找到这个分子的xyz文件。+如果输入的分子式，软件自带的库里面没有，那么就需要自己创建*.xyz文件，创建分子建模的操作，参考：[[adf:buildmodel|AMS软件建模教程]]；创建完毕之后，在ADFinput窗口点击菜单栏File > Export Coordinates，如此将该分子结构保存成某个名字为*.xyz的文件。要记住保存的位置，便于后面导入分子的时候，找到这个分子的xyz文件。
  
 导入*.xyz文件的方式：点击如下窗口所示的按钮之后，选中前面保存的*.xyz文件即可。 导入*.xyz文件的方式：点击如下窗口所示的按钮之后，选中前面保存的*.xyz文件即可。
  
-{{:adf:最简单范例_398k下h2与f2的1:hf07.png|}}+{{ :adf:hf07.png?650 }}
  
 =====第二步：设置分子动力学模拟的条件===== =====第二步：设置分子动力学模拟的条件=====
  
-下图中红色圆圈所示的地方是最重要的，需要设置的地方： +{{ :adf:hf08.png?650 }}
- +
-{{:adf:最简单范例_398k下h2与f2的1:hf08.png|}}+
  
   * Task：任务类型，分子动力学模拟的话，选择Molecular Dynamics，结构优化的话选择Energy Minimization（或Geometry Optimization，不同版本名称不太一样），另外的选项不常用   * Task：任务类型，分子动力学模拟的话，选择Molecular Dynamics，结构优化的话选择Energy Minimization（或Geometry Optimization，不同版本名称不太一样），另外的选项不常用
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   * Damping constant：这个不需要设置。修改之后对模拟效果的帮助也不系统，或者没有帮助。但其初衷是为了增大系统的随机性。   * Damping constant：这个不需要设置。修改之后对模拟效果的帮助也不系统，或者没有帮助。但其初衷是为了增大系统的随机性。
   * Pressure：如果选择了NVT（Velocity Verlet +Berendsen属于NVT）系综，这个参数就不起作用；如果选择NPT系综，Temperature和Pressure都需要设置。但如果体系尺寸不大的话，压强的震荡就非常的剧烈——注意：这是符合物理事实的。   * Pressure：如果选择了NVT（Velocity Verlet +Berendsen属于NVT）系综，这个参数就不起作用；如果选择NPT系综，Temperature和Pressure都需要设置。但如果体系尺寸不大的话，压强的震荡就非常的剧烈——注意：这是符合物理事实的。
 +  * Stress：计算力学性质时需要用到，其他情况不需要设置。
   * 如果不关心动力学过程，而只关心产物的情况，那么强烈建议设置Details>Molecular Dynamics>KF Result file:50改为5000甚至更大，这表示每5000步保存一次结构，这样生成的动画帧数就会大大减少，便于movie显示，也便于作产物数量变化图。   * 如果不关心动力学过程，而只关心产物的情况，那么强烈建议设置Details>Molecular Dynamics>KF Result file:50改为5000甚至更大，这表示每5000步保存一次结构，这样生成的动画帧数就会大大减少，便于movie显示，也便于作产物数量变化图。
 +
  
 =====第三步：提交任务===== =====第三步：提交任务=====
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 对于ReaxFF而言，结果文件中最重要的是*.rxkf，**一般而言，这个文件是所有结果文件中最大的那个。**具体如何查看可以参考[[adf:showresults|]]。ReaxFF最重要的结果在SCM LOGO > Movie中。本例的模拟结果如下图所示： 对于ReaxFF而言，结果文件中最重要的是*.rxkf，**一般而言，这个文件是所有结果文件中最大的那个。**具体如何查看可以参考[[adf:showresults|]]。ReaxFF最重要的结果在SCM LOGO > Movie中。本例的模拟结果如下图所示：
  
-{{:adf:最简单范例_398k下h2与f2的1:hf09.png|}}+{{ :adf:hf09.png?400 }}
  
 弹出分子列表的窗口，选中关心的分子：H<sub>2</sub>、F<sub>2</sub>、HF（注意ReaxFF模拟会产生很多中间体，这些中间体有的可能是我们关心的，有的可能是不关心的。例如2个H2分子的距离如果过近的话，程序会将其判断为一个分子——H<sub>4</sub>。简单的说，程序是通过原子间的距离来判断是否“成键”的） 弹出分子列表的窗口，选中关心的分子：H<sub>2</sub>、F<sub>2</sub>、HF（注意ReaxFF模拟会产生很多中间体，这些中间体有的可能是我们关心的，有的可能是不关心的。例如2个H2分子的距离如果过近的话，程序会将其判断为一个分子——H<sub>4</sub>。简单的说，程序是通过原子间的距离来判断是否“成键”的）
行 64: 行 62:
 选中之后，右边会出现选中的分子的个数变化曲线。 选中之后，右边会出现选中的分子的个数变化曲线。
  
-{{:adf:最简单范例_398k下h2与f2的1:hf10.png|}}+{{ :adf:hf10.png?700 }}
  
 **注意：** **注意：**
adf/simplestexample.1559119244.txt.gz · 最后更改: 2019/05/29 16:40 由 liu.jun

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