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--- adf:simplemdofreaxams [2023/04/11 23:48] – [二、基元反应分析、反应速率常数] liu.jun
+++ adf:simplemdofreaxams [2024/02/05 13:04] (当前版本) – [二、基元反应分析、反应速率常数] liu.jun
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-=======ReaxFF-燃烧：甲烷燃烧过程模拟======
+=======【入门基础教程】ReaxFF-燃烧：甲烷燃烧过程模拟======
 本文以甲烷燃烧为例，燃烧过程中不断生成CO<sub>2</sub>和H<sub>2</sub>O，版本要求AMS2020，使用ReaxFF模块完成。
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-点击Task：Molecular Dynamics后面的 > 按钮，设置分子动力学模拟详细参数：步数（此处设置为4万步）、步长（此处默认0.25fs）、sample frequency（每多少步保存一次轨迹）：
+点击Task：Molecular Dynamics后面的 > 按钮，设置分子动力学模拟详细参数：步数（此处设置为4万步）、步长（此处默认0.25fs，注意温度越高，这个值需要越小，避免单步运动距离太长而失真，因此4000K设置为0.1fs左右应该更好）、sample frequency（每多少步保存一次轨迹）：
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 ===NVT系综的设置===
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-只需要设置系综实现的方案Thermostat（实现NVT系综的算法）、Temperature、Damping constant。其中Damping constant表示震荡时间（在达到指定温度前，温度随机震荡），一般默认设置100fs，也可以降低为5fs，对结果影响不大。
+只需要设置系综实现的方案Thermostat（实现NVT系综的算法）、Temperature、Damping constant。其中Damping constant表示震荡时间（在达到指定温度前，温度随机震荡），一般默认设置100fs，也可以降低为5fs，对结果影响不大，不过一般不修改，运行更正常一些。
 **恒温：**温度如果只设置了一个，则不需要设置Duration(s)，整个模拟过程都是该温度
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 这需要使用AdvancedWF模块的ChemTraYzer2.0。
-**[[https://www.fermitech.com.cn/ams/reaxff2022-chemtrayzer-2/|ChemTrazYer 2，对大分子反应也能够很好支持，并能给出实验单位反应速率常数]]**
+**[[https://www.fermitech.com.cn/ams/reaxff2022-chemtrayzer-2/|ChemTrazYer 2，对大分子反应也能够很好支持，并能给出实验单位反应速率常数]]**，并能给出每种产物相关反应次数随时间演化的柱状图。
+====三、键级====
+在AMSinput中的键级，未经计算，因此其键级是图形窗口根据简单的价电子规则而猜测出来的。在Movie中是经过计算的，因此鼠标选中两个原子，窗口左下角则会显示两个原子之间的键级。

adf/simplemdofreaxams.1681228080.txt.gz · 最后更改: 2023/04/11 23:48 由 liu.jun

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