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adf:setchageformolecule [2020/10/11 17:57] – [一、为分子指定带电量] liu.jun | adf:setchageformolecule [2024/05/15 21:17] (当前版本) – liu.jun | ||
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行 1: | 行 1: | ||
====== 如何为某部分原子(例如某个分子)设置固定电荷====== | ====== 如何为某部分原子(例如某个分子)设置固定电荷====== | ||
- | + | 注意,该功能设置的电荷,在整个分子动力学模拟过程中,都是保持不变的。 | |
- | =====一、为分子指定带电量===== | + | * [[adf: |
- | 有的时候,我们希望在ReaxFF的模拟过程中,希望某些分子上带上一定的电量。这可以通过在run文件的geo部分设置相应的关键字进行指定。我们以一个水分子和一个SO< | + | * [[adf: |
- | + | ||
- | 我们希望SO< | + | |
- | + | ||
- | <code bash> | + | |
- | ...... | + | |
- | ...... | + | |
- | *.run文件其他内容省略... | + | |
- | cat > geo << | + | |
- | BIOGRF 200 | + | |
- | MOLCHARGE 4 7 -2 | + | |
- | MOLCHARGE 1 3 0 | + | |
- | DESCRP chargeformolecules | + | |
- | REMARK Created by ADFinput | + | |
- | CRYSTX | + | |
- | HETATM | + | |
- | HETATM | + | |
- | HETATM | + | |
- | HETATM | + | |
- | HETATM | + | |
- | HETATM | + | |
- | HETATM | + | |
- | END | + | |
- | + | ||
- | eor | + | |
- | *.run文件其他内容省略... | + | |
- | ...... | + | |
- | </ | + | |
- | + | ||
- | 其中: | + | |
- | * 1~3原子是水分子的,总带电量为0,因此设置为:MOLCHARGE 1 3 0 | + | |
- | * 4~7原子是SO3的,总带电量为-2,因此设置为:MOLCHARGE 4 7 -2 | + | |
- | * 必须为所有原子指定,不然会报错。例如本例中如果只设置了MOLCHARGE 4 7 -2,没有设置MOLCHARGE 1 3 0,就会报错。 | + | |
- | * 该情况仅适用于动力学过程中电荷保持不变,的情况;如果分解了、和其他原子成键了,这个设定就没有太大意义了。 | + | |
- | + | ||
- | =====二、可能的用途===== | + | |
- | 为孤立H原子或者OH、酸根设置带电量,可以一定程度上模拟酸碱度环境的影响。 | + |