这个报错一般在EDA作业中出现，注意检查碎片的原子排序是不是与主任务（整个体系）原子排序不一样。

例如该案例：

整体最后7个原子如下：

......省略
        O 1.94803322 -4.18297083 -0.26352399 region=Region_2 adf.f=Region_2
        C 2.74230019 -5.2903196 -0.33281474 region=Region_2 adf.f=Region_2
        C 3.35228129 -5.85781979 0.80903042 region=Region_2 adf.f=Region_2
        C 4.20927376 -6.97172734 0.72324033 region=Region_2 adf.f=Region_2
        H 4.66576622 -7.39069098 1.62542901 region=Region_2 adf.f=Region_2
        C 4.47783265 -7.56384703 -0.51248013 region=Region_2 adf.f=Region_2
        H 5.12172877 -8.448097730000001 -0.57584472 region=Region_2 adf.f=Region_2
    End

而对应的碎片，最后7个原子却是：

......省略
        S 3.13697866 -5.2392235 2.47942025 region=Region_2
        O 1.94803322 -4.18297083 -0.26352399 region=Region_2
        C 2.74230019 -5.2903196 -0.33281474 region=Region_2
        C 3.35228129 -5.85781979 0.80903042 region=Region_2
        C 4.20927376 -6.97172734 0.72324033 region=Region_2
        H 4.66576622 -7.39069098 1.62542901 region=Region_2
        C 4.47783265 -7.56384703 -0.51248013 region=Region_2
    End

不仅坐标不同，连元素都不一样了。

就算是人的肉眼，也会将其认定为两个毫无关系的结构。