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adf:remdofams [2020/02/26 18:55] – liu.jun | adf:remdofams [2020/03/31 18:19] (当前版本) – liu.jun | ||
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======新的分子动力学反应加速算法REMD====== | ======新的分子动力学反应加速算法REMD====== | ||
- | 用法:AMS常规的分子动力学模拟任务生成的*.run文件中,在MolecularDynamics字段内部加入ReplicaExchange字段,例如: | + | 用法:AMS的ADF via AMS、BAND、DFTB、MOPAC常规的分子动力学模拟任务生成的*.run文件中,在MolecularDynamics字段内部加入ReplicaExchange字段,例如: |
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MolecularDynamics | MolecularDynamics | ||
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* **AllowWrongResults:**REMD算法中,存在多个副本运算,当副本合并产生物理上某些不正确的结果时,允许与其他性质合并。若无此条关键词,则该值取默认值Faulse | * **AllowWrongResults:**REMD算法中,存在多个副本运算,当副本合并产生物理上某些不正确的结果时,允许与其他性质合并。若无此条关键词,则该值取默认值Faulse | ||
* **EWMALength:**Length of the exponentially weighted moving average used to smooth swap probabilities for monitoring. This value is equal to the inverse of the EWMA mixing factor.默认值为10 | * **EWMALength:**Length of the exponentially weighted moving average used to smooth swap probabilities for monitoring. This value is equal to the inverse of the EWMA mixing factor.默认值为10 | ||
- | * **SwapFrequency**:Attempt an exchange every N steps.默认值100 | + | * **SwapFrequency**:交换数据的频率,默认值100步交换一次 |
* **TemperatureFactors:**这是两个连续副本的温度比值。第一值设置第二副本相对于第一副本的温度,第二值设置第三副本相对于第二副本的温度,以此类推。如果值个数比nReplicas小,则将最后一个值用于后面所有副本之间温度比。该设置与Temperatures,二者只能使用其中一个。 | * **TemperatureFactors:**这是两个连续副本的温度比值。第一值设置第二副本相对于第一副本的温度,第二值设置第三副本相对于第二副本的温度,以此类推。如果值个数比nReplicas小,则将最后一个值用于后面所有副本之间温度比。该设置与Temperatures,二者只能使用其中一个。 | ||
* **Temperatures:**列出除了第一副本外,其他副本的温度。该设置与TemperatureFactors 二者只能使用其中一个。 | * **Temperatures:**列出除了第一副本外,其他副本的温度。该设置与TemperatureFactors 二者只能使用其中一个。 | ||
* **nReplicas:**副本个数。注意动力学计算我们本身会设置一个温度,Temperatures或TemperatureFactors会设置N个副本,因此nReplicas实际上是N+1 | * **nReplicas:**副本个数。注意动力学计算我们本身会设置一个温度,Temperatures或TemperatureFactors会设置N个副本,因此nReplicas实际上是N+1 | ||
* 该方法适用于除ReaxFF外,所有分子动力学,包括BAND、DFTB、MOPAC、ReaxAMS模块 | * 该方法适用于除ReaxFF外,所有分子动力学,包括BAND、DFTB、MOPAC、ReaxAMS模块 | ||
- | * 并行核数需要大于或等于nReplicas | + | * <color blue>并行核数需要大于或等于nReplicas</ |