用户工具

站点工具


adf:remdofams

新的分子动力学反应加速算法REMD

用法:AMS的ADF via AMS、BAND、DFTB、MOPAC常规的分子动力学模拟任务生成的*.run文件中,在MolecularDynamics字段内部加入ReplicaExchange字段,例如:

MolecularDynamics
...
...
    ReplicaExchange
      AllowWrongResults False
      EWMALength 10
      SwapFrequency 100
      TemperatureFactors R1 R2 R3 ...
      Temperatures T2 T3 T4 ...
      nReplicas 4
    END
...
...
END

其中,

  • AllowWrongResults:REMD算法中,存在多个副本运算,当副本合并产生物理上某些不正确的结果时,允许与其他性质合并。若无此条关键词,则该值取默认值Faulse
  • EWMALength:Length of the exponentially weighted moving average used to smooth swap probabilities for monitoring. This value is equal to the inverse of the EWMA mixing factor.默认值为10
  • SwapFrequency:交换数据的频率,默认值100步交换一次
  • TemperatureFactors:这是两个连续副本的温度比值。第一值设置第二副本相对于第一副本的温度,第二值设置第三副本相对于第二副本的温度,以此类推。如果值个数比nReplicas小,则将最后一个值用于后面所有副本之间温度比。该设置与Temperatures,二者只能使用其中一个。
  • Temperatures:列出除了第一副本外,其他副本的温度。该设置与TemperatureFactors 二者只能使用其中一个。
  • nReplicas:副本个数。注意动力学计算我们本身会设置一个温度,Temperatures或TemperatureFactors会设置N个副本,因此nReplicas实际上是N+1
  • 该方法适用于除ReaxFF外,所有分子动力学,包括BAND、DFTB、MOPAC、ReaxAMS模块
  • 并行核数需要大于或等于nReplicas
adf/remdofams.txt · 最后更改: 2020/03/31 18:19 由 liu.jun

© 2014-2020 费米科技(京ICP备14023855号