adf:remdofams
差别
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| adf:remdofams [2019/12/13 16:33] – liu.jun | adf:remdofams [2020/03/31 18:19] (当前版本) – liu.jun | ||
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| 行 1: | 行 1: | ||
| ======新的分子动力学反应加速算法REMD====== | ======新的分子动力学反应加速算法REMD====== | ||
| - | 用法：在MolecularDynamics字段内部加入ReplicaExchange字段，例如： | + | 用法：AMS的ADF via AMS、BAND、DFTB、MOPAC常规的分子动力学模拟任务生成的*.run文件中，在MolecularDynamics字段内部加入ReplicaExchange字段，例如： |
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| MolecularDynamics | MolecularDynamics | ||
| 行 18: | 行 18: | ||
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| 其中， | 其中， | ||
| - | * **AllowWrongResults：**REMD算法中，存在多个副本运算，当副本合并产生物理上某些不正确的结果时，允许与其他性质合并 | + | * **AllowWrongResults：**REMD算法中，存在多个副本运算，当副本合并产生物理上某些不正确的结果时，允许与其他性质合并。若无此条关键词，则该值取默认值Faulse |
| - | * **EWMALength：**Length of the exponentially weighted moving average used to smooth swap probabilities for monitoring. This value is equal to the inverse of the EWMA mixing factor. | + | * **EWMALength：**Length of the exponentially weighted moving average used to smooth swap probabilities for monitoring. This value is equal to the inverse of the EWMA mixing factor.默认值为10 |
| - | * **SwapFrequency**：Attempt an exchange every N steps | + | * **SwapFrequency**：交换数据的频率，默认值100步交换一次 |
| * **TemperatureFactors：**这是两个连续副本的温度比值。第一值设置第二副本相对于第一副本的温度，第二值设置第三副本相对于第二副本的温度，以此类推。如果值个数比nReplicas小，则将最后一个值用于后面所有副本之间温度比。该设置与Temperatures，二者只能使用其中一个。 | * **TemperatureFactors：**这是两个连续副本的温度比值。第一值设置第二副本相对于第一副本的温度，第二值设置第三副本相对于第二副本的温度，以此类推。如果值个数比nReplicas小，则将最后一个值用于后面所有副本之间温度比。该设置与Temperatures，二者只能使用其中一个。 | ||
| * **Temperatures：**列出除了第一副本外，其他副本的温度。该设置与TemperatureFactors 二者只能使用其中一个。 | * **Temperatures：**列出除了第一副本外，其他副本的温度。该设置与TemperatureFactors 二者只能使用其中一个。 | ||
| * **nReplicas：**副本个数。注意动力学计算我们本身会设置一个温度，Temperatures或TemperatureFactors会设置N个副本，因此nReplicas实际上是N+1 | * **nReplicas：**副本个数。注意动力学计算我们本身会设置一个温度，Temperatures或TemperatureFactors会设置N个副本，因此nReplicas实际上是N+1 | ||
| * 该方法适用于除ReaxFF外，所有分子动力学，包括BAND、DFTB、MOPAC、ReaxAMS模块 | * 该方法适用于除ReaxFF外，所有分子动力学，包括BAND、DFTB、MOPAC、ReaxAMS模块 | ||
| - | * 并行核数需要大于或等于nReplicas | + | * <color blue>并行核数需要大于或等于nReplicas</ |
adf/remdofams.1576225999.txt.gz · 最后更改: 2019/12/13 16:33 由 liu.jun