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adf:pesofreax

使用反应力场进行势能面扫描(PES)

AMS 2018推出了ReaxAMS模块,该模块计算引擎原理与标准ReaxFF一致,是AMS自主开发的一个模块,在功能上与ReaxFF有一定的互补,例如势能面扫描功能。注意:势能面扫描和单点计算,能量都是与温度无关的量,也就是与原子动能(动能为0)无关。

本例以两个水分子的简单模型,来演示该功能的使用。

首先创建初始结构,并设置基本参数:

注意:

  • Periodicity有Bulk和None两种选项,其中Bulk表示具有周期性,默认为一个100埃边长的方形盒子,用户可以在Model>Lattice里面修改;None则表示没有周期性,分子周围是无限大真空
  • Torsions是对扭转势的描述,2013比Original新
  • PES Scan后面的 > 点进去,可以对PES的参数进行详细设置,如下图:

这里我们扫描的主要参数为两个O原子之间的距离,因此选中这两个氧原子。当然用户也可以扫描键角或二面角,需要依次选中3个原子或4个原子。 然后点击对于的➕,例如这里我们想扫描键长,因此点distance前面的➕。如果我们要固定这两个原子的坐标,就要点fix position前面的➕。

然后我们设置扫描的范围,其中初始值为当前值,我们修改末值为1.59369埃,并设置扫描的点的个数为10,也就是在初始值与末值之间(含初末值),总共计算10个均匀渐变点。实际上将会做10个限制性的结构优化,分别限定O-O键长为我们设定的10个值,其他原子为自由优化。设置如下图:

保存任务,并运行。运行结束后,可以在SCM LOGO > Movie中查看能量的变化曲线。虽然是十个限制性结构优化,但这里只给出10个优化结束后的结构以及对应的能量情况。其中红色曲线为能量变化曲线。

adf/pesofreax.txt · 最后更改: 2019/12/10 13:28 由 liu.jun

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