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您的足迹: • 使用IVCharacteristics工具计算分析器件的电流电压特性 • AMS软件：自动探索表面化学反应机理案例-氧化物表面的水离解
adf:pesexploration2

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adf:pesexploration2 [2023/12/28 09:58] – [简介] liu.junadf:pesexploration2 [2024/05/14 09:20] (当前版本) – [简介] liu.jun
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-======PES Exploration模拟：氧化物表面的水离解======+======AMS软件：自动探索表面化学反应机理案例-氧化物表面的水离解======
 =====前言===== =====前言=====
 本教程基于AMS2023.104，应适用于AMS2023及以上版本。本教程将演示： 本教程基于AMS2023.104，应适用于AMS2023及以上版本。本教程将演示：
行 15: 行 15:
 ZnO(<span class="math notranslate nohighlight">\(10\bar{1}0\)</span>) 面上的水吸附，是一种已经得到充分研究的体系。单层 H$_2$O 可以形成分子吸附、解离吸附或五五开（半解离）吸附（参考文献：Partial Dissociation of Water Leads to Stable Superstructures on the Surface of Zinc Oxide, Bernd Meyer el, Angew. Chem. Int. Ed., 2004, Volume43, Issue48, Pages 6641-6645）。 ZnO(<span class="math notranslate nohighlight">\(10\bar{1}0\)</span>) 面上的水吸附，是一种已经得到充分研究的体系。单层 H$_2$O 可以形成分子吸附、解离吸附或五五开（半解离）吸附（参考文献：Partial Dissociation of Water Leads to Stable Superstructures on the Surface of Zinc Oxide, Bernd Meyer el, Angew. Chem. Int. Ed., 2004, Volume43, Issue48, Pages 6641-6645）。
  
-Raymand 等人开发了用于 ZnO 上 H$_2$O 吸附的ReaxFF 力场。本文将使用该力场，来演示如何使用 basin hopping 和 process search，​自动发现三种最稳定的水单层吸附类型，以及从一种结构转换为另一种结构的障碍。+Raymand 等人开发了用于 ZnO 上 H$_2$O 吸附的ReaxFF 力场。本文将使用该力场，来演示如何使用 basin hopping 和 process search，​自动发现三种最稳定的水单层吸附类型，以及从一种结构转换为另一种结构的能垒。
  
 包括如下步骤： 包括如下步骤：
   - 导入吸附在ZnO上的两个水分子的模型(<span class="math notranslate nohighlight">\(10\bar{1}0\)</span>)。   - 导入吸附在ZnO上的两个水分子的模型(<span class="math notranslate nohighlight">\(10\bar{1}0\)</span>)。
   - 运行盆地跳跃（全局优化的一种）以快速发现几个局部最小值，包括半解离构型   - 运行盆地跳跃（全局优化的一种）以快速发现几个局部最小值，包括半解离构型
-  - 对半解离构型运行过程搜索，以找到转化为全分子或完全解离构型的障碍。+  - 对半解离构型运行过程搜索，以找到转化为全分子或完全解离构型的能垒。
  
-注意：虽然本文以ReaxFF来演示这个过程，实际上其他模块如DFTB也是支持的，使用方式除Main的设置不同，其他大同小异。+注意：虽然本文以ReaxFF来演示这个过程，实际上其他模块如DFTB、BAND也是支持的，使用方式除Main的设置不同，其他大同小异。
  
 =====第一步：设置初始体系===== =====第一步：设置初始体系=====
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 =====第二步：Basin Hopping===== =====第二步：Basin Hopping=====
-PES exploration作业，例如basin hopping、process search，很大程度上受益于平滑的势能面。ReaxFF 包含多个选项来平滑势能面，这里我们使用 taper bond orders 选项。+PES exploration作业，例如basin hopping、process search，很大程度上受益于平滑的势能面。ReaxFF 包含多个选项来平滑势能面，这里我们使用 taper bond orders 选项，具体设置方式如下。
  
 ====ReaxFF设置==== ====ReaxFF设置====
行 73: 行 73:
  
 在本例中： 在本例中：
-  * State 1 应对应于半解离结构。其中一个水分子解离成吸附在表面 Zn 上的OH –和吸附在表面 O 上的 H + 。另一个水分子向 OH –和表面 O提供氢键+  * State 1 应对应于半解离结构。其中一个水分子解离成吸附在表面 Zn 上的OH$^-$和吸附在表面 O 上的 H$^+$。另一个水分子向 OH$^-$和表面 O提供氢键
   * State1-4都对应于半解离态。它们具有相同的能量，但不同之处在于解离的水分子或 OH 键指向的方向   * State1-4都对应于半解离态。它们具有相同的能量，但不同之处在于解离的水分子或 OH 键指向的方向
   * State5-6 对应于完全分子吸附。OH 键指向的方向不同   * State5-6 对应于完全分子吸附。OH 键指向的方向不同
adf/pesexploration2.1703728731.txt.gz · 最后更改: 2023/12/28 09:58 由 liu.jun

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