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adf:nmr-openshell

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adf:nmr-openshell [2016/11/26 23:16] – liu.junadf:nmr-openshell [2020/11/20 10:30] (当前版本) – 移除 liu.jun
行 1: 行 1:
-======如何使用相对论方法计算开壳层体系的NMR化学位移（含顺磁、逆磁）====== 
  
-对开壳层体系的NMR化学位移计算，ADF2013及其之前的版本，得到的结果对度规不变性，略有损害（非常微小），ADF新版本修正了度规不变性。 
- 
-注意：ADF计算得到的数据，需要先用计算得到的氢谱或碳谱位移与实验对照，得到平移量，用该平移量来校正所有其他元素、原子的化学位移数据。 
- 
-以下使用ADF2016进行演示： 
- 
-=====参数设置===== 
- 
-{{ :adf:socnmr04.png?600 |}} 
- 
-{{ :adf:socnmr02.png?600 |}} 
- 
-上图中，Shieding for all如果勾选的话，比如勾选H atoms的话，所有H原子的NMR shielding都会被计算，C、P类似。NMR shielding for atoms，则是在左边窗口，选择关心的原子之后，点击加号，则会计算选中的原子。 
- 
-保存任务，之后，修改*.run文件。即，增加一行ALLINONE，在nmr输入文件中，如下图所示： 
- 
-{{ :adf:socnmr05.png?500 |}} 
- 
-ADFjobs窗口选中任务，之后点击Job >run提交任务，或将*.run文件提交到服务器上运行。不能使用ADFinput > File >run提交，因为这样会覆盖掉刚刚加入的ALLINONE关键词。 
- 
-===== 结果查看===== 
-在logfile中列出了每个原子总的化学位移： 
-{{ :adf:nmr-openshell01.png?500 |}} 
- 
-点击SCM LOGO > Spectra，显示NMR的强度： 
- 
-{{ :adf:socnmr09.png?600 |}} 
- 
-点击SCM LOGO > Output > Other Properties > NMR Shielding (NMR Program)，显示出每个原子（如下图中H（8））中的顺磁项、逆磁项、总和： 
- 
-<code bash> 
-################################################################################ 
-******************************************************************************** 
-****  N U C L E U S : H(8) 
-  
- ADF-GUI atom: H(8) 
- Internal NMR numbering of atoms: H(8) 
-  
- NBO: we are working with a Cartesian (6d/10f) basis 
-  
-================================================================================ 
-  
-  
-===  PARAMAGNETIC NMR SHIELDING TENSORS (ppm) 
-  
-    ===     paramagnetic b^(1) tensor       ===     paramagnetic u^(1) tensor 
-    -----------------------------------     ----------------------------------- 
-           0.000     0.000     0.000              39.451    -0.000    -0.000 
-           0.000     0.000     0.000              -0.000   -17.054    12.644 
-           0.000     0.000     0.000              -0.000    12.644    -4.178 
-    -----------------------------------     ----------------------------------- 
-              isotropic =      0.000                  isotropic =      6.073 
- 
-    ===     paramagnetic s^(1) tensor       ===     paramagnetic gauge tensor 
-    -----------------------------------     ----------------------------------- 
-         -23.435     0.000    -0.000             -15.511     0.000    -0.000 
-           0.000     0.397    -1.827               0.000     0.000     0.000 
-          -0.000    -1.827    -0.540              -0.000     0.000     0.000 
-    -----------------------------------     ----------------------------------- 
-              isotropic =     -7.859                  isotropic =     -5.170 
- 
-                        *********************************** 
-                        CARTESIAN AXIS REPRESENTATION 
- 
-                        ==== total paramagnetic tensor 
-                        ----------------------------------- 
-                               0.506    -0.000    -0.000 
-                              -0.000   -16.656    10.817 
-                              -0.000    10.817    -4.718 
-                        ----------------------------------- 
-                                  isotropic =     -6.956 
- 
-                        *********************************** 
-                        ----------------------------------- 
-                        PRINCIPAL AXIS REPRESENTATION 
- 
-                        ==== Principal components: 
- 
-                             -23.042     0.506     1.668 
-  
-                        ==== Principal Axis System: 
- 
-                              -0.000     1.000    -0.000 
-                              -0.861     0.000     0.508 
-                               0.508     0.000     0.861 
-                        ----------------------------------- 
-  
-================================================================================ 
-  
-  
-===  DIAMAGNETIC NMR SHIELDING TENSORS (ppm) 
-  
-    ===       diamagnetic core tensor       ===    diamagnetic valence tensor 
-    -----------------------------------     ----------------------------------- 
-           0.000     0.000     0.000              20.573     0.000    -0.000 
-           0.000     0.000     0.000               0.000    41.131    -9.103 
-           0.000     0.000     0.000              -0.000    -9.103    30.421 
-    -----------------------------------     ----------------------------------- 
-              isotropic =      0.000                  isotropic =     30.708 
- 
-                        *********************************** 
-                        CARTESIAN AXIS REPRESENTATION 
- 
-                        ==== total diamagnetic tensor 
-                        ----------------------------------- 
-                              20.573     0.000    -0.000 
-                               0.000    41.131    -9.103 
-                              -0.000    -9.103    30.421 
-                        ----------------------------------- 
-                                  isotropic =     30.708 
- 
-                        *********************************** 
-                        ----------------------------------- 
-                        PRINCIPAL AXIS REPRESENTATION 
- 
-                        ==== Principal components: 
- 
-                              20.573    25.214    46.337 
-  
-                        ==== Principal Axis System: 
- 
-                               1.000     0.000    -0.000 
-                              -0.000     0.496    -0.868 
-                               0.000     0.868     0.496 
-                        ----------------------------------- 
-  
-================================================================================ 
-  
-  
-===  TOTAL NMR SHIELDING TENSOR (ppm) 
-  
-                        *********************************** 
-                        CARTESIAN AXIS REPRESENTATION 
- 
-                        ==== total shielding tensor 
-                        ----------------------------------- 
-                              21.079    -0.000    -0.000 
-                              -0.000    24.475     1.714 
-                              -0.000     1.714    25.703 
-                        ----------------------------------- 
-                                  isotropic =     23.752 
- 
-                        *********************************** 
-                        ----------------------------------- 
-                        PRINCIPAL AXIS REPRESENTATION 
- 
-                        ==== Principal components: 
- 
-                              21.079    23.268    26.909 
-  
-                        ==== Principal Axis System: 
- 
-                               1.000     0.000    -0.000 
-                               0.000    -0.818     0.576 
-                               0.000     0.576     0.818 
-                        ----------------------------------- 
- 
-</code> 
adf/nmr-openshell.1480173403.txt.gz · 最后更改: 2016/11/26 23:16 由 liu.jun

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