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adf:nmr-openshell

如何使用相对论方法计算开壳层体系NMR化学位移(顺磁、逆磁)

必读

推荐参数,参考NMR计算使用什么参数比较好?

对开壳层体系的NMR化学位移计算,ADF2013及其之前的版本,得到的结果对度规不变性,略有损害(非常微小),ADF新版本修正了度规不变性。

注意:ADF计算得到的数据,需要先用计算得到的氢谱或碳谱位移与实验对照,得到平移量,用该平移量来校正所有其他元素、原子的化学位移数据。

以下使用ADF2016进行演示:

参数设置

上图中,Shieding for all如果勾选的话,比如勾选H atoms的话,所有H原子的NMR shielding都会被计算,C、P类似。NMR shielding for atoms,则是在左边窗口,选择关心的原子之后,点击加号,则会计算选中的原子。

保存任务,之后,修改*.run文件。即,增加一行ALLINONE,在nmr输入文件中,如下图所示:

ADFjobs窗口选中任务,之后点击Job >run提交任务,或将*.run文件提交到服务器上运行。不能使用ADFinput > File >run提交,因为这样会覆盖掉刚刚加入的ALLINONE关键词。

结果查看

在logfile中列出了每个原子总的化学位移:

点击SCM LOGO > Spectra,显示NMR的强度:

点击SCM LOGO > Output > Other Properties > NMR Shielding (NMR Program),显示出每个原子(如下图中H(8))中的顺磁项、逆磁项、总和:

################################################################################
********************************************************************************
****  N U C L E U S : H(8)
 
 ADF-GUI atom: H(8)
 Internal NMR numbering of atoms: H(8)
 
 NBO: we are working with a Cartesian (6d/10f) basis
 
================================================================================
 
 
===  PARAMAGNETIC NMR SHIELDING TENSORS (ppm)
 
    ===     paramagnetic b^(1) tensor       ===     paramagnetic u^(1) tensor
    -----------------------------------     -----------------------------------
           0.000     0.000     0.000              39.451    -0.000    -0.000
           0.000     0.000     0.000              -0.000   -17.054    12.644
           0.000     0.000     0.000              -0.000    12.644    -4.178
    -----------------------------------     -----------------------------------
              isotropic =      0.000                  isotropic =      6.073
 
    ===     paramagnetic s^(1) tensor       ===     paramagnetic gauge tensor
    -----------------------------------     -----------------------------------
         -23.435     0.000    -0.000             -15.511     0.000    -0.000
           0.000     0.397    -1.827               0.000     0.000     0.000
          -0.000    -1.827    -0.540              -0.000     0.000     0.000
    -----------------------------------     -----------------------------------
              isotropic =     -7.859                  isotropic =     -5.170
 
                        ***********************************
                        CARTESIAN AXIS REPRESENTATION
 
                        ==== total paramagnetic tensor
                        -----------------------------------
                               0.506    -0.000    -0.000
                              -0.000   -16.656    10.817
                              -0.000    10.817    -4.718
                        -----------------------------------
                                  isotropic =     -6.956
 
                        ***********************************
                        -----------------------------------
                        PRINCIPAL AXIS REPRESENTATION
 
                        ==== Principal components:
 
                             -23.042     0.506     1.668
 
                        ==== Principal Axis System:
 
                              -0.000     1.000    -0.000
                              -0.861     0.000     0.508
                               0.508     0.000     0.861
                        -----------------------------------
 
================================================================================
 
 
===  DIAMAGNETIC NMR SHIELDING TENSORS (ppm)
 
    ===       diamagnetic core tensor       ===    diamagnetic valence tensor
    -----------------------------------     -----------------------------------
           0.000     0.000     0.000              20.573     0.000    -0.000
           0.000     0.000     0.000               0.000    41.131    -9.103
           0.000     0.000     0.000              -0.000    -9.103    30.421
    -----------------------------------     -----------------------------------
              isotropic =      0.000                  isotropic =     30.708
 
                        ***********************************
                        CARTESIAN AXIS REPRESENTATION
 
                        ==== total diamagnetic tensor
                        -----------------------------------
                              20.573     0.000    -0.000
                               0.000    41.131    -9.103
                              -0.000    -9.103    30.421
                        -----------------------------------
                                  isotropic =     30.708
 
                        ***********************************
                        -----------------------------------
                        PRINCIPAL AXIS REPRESENTATION
 
                        ==== Principal components:
 
                              20.573    25.214    46.337
 
                        ==== Principal Axis System:
 
                               1.000     0.000    -0.000
                              -0.000     0.496    -0.868
                               0.000     0.868     0.496
                        -----------------------------------
 
================================================================================
 
 
===  TOTAL NMR SHIELDING TENSOR (ppm)
 
                        ***********************************
                        CARTESIAN AXIS REPRESENTATION
 
                        ==== total shielding tensor
                        -----------------------------------
                              21.079    -0.000    -0.000
                              -0.000    24.475     1.714
                              -0.000     1.714    25.703
                        -----------------------------------
                                  isotropic =     23.752
 
                        ***********************************
                        -----------------------------------
                        PRINCIPAL AXIS REPRESENTATION
 
                        ==== Principal components:
 
                              21.079    23.268    26.909
 
                        ==== Principal Axis System:
 
                               1.000     0.000    -0.000
                               0.000    -0.818     0.576
                               0.000     0.576     0.818
                        -----------------------------------
adf/nmr-openshell.txt · 最后更改: 2018/04/08 21:11 由 liu.jun

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