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adf:nmr-openshell [2016/08/31 17:43] – [Scalar方法计算开壳层NMR化学位移] liu.junadf:nmr-openshell [2020/11/20 10:30] (当前版本) – 移除 liu.jun
行 1: 行 1:
-======如何计算开壳层体系的NMR化学位移====== 
- 
-对开壳层体系的NMR化学位移计算，有两种可选的方式： 
-  - 使用Spin-Orbit方法 
-  * 优点：简单方便，因为考虑Spin-Orbit的话，开壳层和闭壳层的概念就消失了，统一的方式进行处理 
-  * 缺点：ADF2013及其之前的版本，得到的结果对度规不变性，略有损害（非常微小） 
-  - 使用Scalar方法 
-  * 优点：严格的度规不变性 
-  * 缺点：需要加一个关键词 
- 
-以下使用ADF2016进行演示： 
- 
-=====Spin-Orbit计算NMR化学位移（适用于ADF2014及其以上版本）===== 
- 
-====参数设置==== 
-略过结构优化的过程。以参数设置如下： 
- 
-{{ :adf:socnmr01.png?600 |}} 
- 
-注意，因为使用了Spin-Orbit，所以Spin polarization和Unrestricted都不需要设置了，设置了也不会读取，因为这两个概念在考虑Spin-Orbit coupling之后，就不成立了。 
- 
-{{ :adf:socnmr02.png?600 |}} 
- 
-上图中，可以按元素选择（可以选择H atoms表示计算所有的H原子的NMR化学位移，C、P类似），也可以在左边窗口按住shift键，分别选中自己关心的原子，然后点击NMR shielding for atoms后面的➕，来设定自己希望计算的原子。 
- 
-计算结果是否显示各向同性屏蔽常数、是否显示所有的（含顺磁和逆磁）屏蔽张量，如果要显示，就打勾。 
- 
-使用Spin-Orbit需要设置symmetry为Nosym： 
- 
-{{ :adf:socnmr03.png?600 |}} 
- 
-保存任务并运行，提交任务的方式，参考：[[adf:parallel]]。 
- 
-==== 结果查看==== 
- 
-点击SCM LOGO > Logfile，弹出logfile窗口，得到所选择的5和H原子的化学位移： 
- 
-<code bash> 
-<Aug31-2016> <17:04:27>  NMR development version  RunTime: Aug31-2016 17:04:27  Nodes: 1  Procs: 2 
-<Aug31-2016> <17:04:27>  >>>> RDEIGZ 
-<Aug31-2016> <17:04:28>  >>>> ZSIG 
-<Aug31-2016> <17:04:28>  >>>> ZU1 
-<Aug31-2016> <17:05:27>  >>>> ZSIGP 
-<Aug31-2016> <17:05:39>  >>>> ZSIGD 
-<Aug31-2016> <17:05:59>  >>>> ZSIGS 
-<Aug31-2016> <17:07:25>  NMR Shielding ADF-GUI atom   H(8):         291.94 ppm 
-<Aug31-2016> <17:07:25>  >>>> ZSIGP 
-<Aug31-2016> <17:07:37>  >>>> ZSIGD 
-<Aug31-2016> <17:07:56>  >>>> ZSIGS 
-<Aug31-2016> <17:09:33>  NMR Shielding ADF-GUI atom   H(9):         452.54 ppm 
-<Aug31-2016> <17:09:33>  >>>> ZSIGP 
-<Aug31-2016> <17:09:46>  >>>> ZSIGD 
-<Aug31-2016> <17:10:05>  >>>> ZSIGS 
-<Aug31-2016> <17:11:34>  NMR Shielding ADF-GUI atom   H(10):        556.24 ppm 
-<Aug31-2016> <17:11:34>  >>>> ZSIGP 
-<Aug31-2016> <17:11:47>  >>>> ZSIGD 
-<Aug31-2016> <17:12:06>  >>>> ZSIGS 
-<Aug31-2016> <17:13:38>  NMR Shielding ADF-GUI atom   H(11):        374.81 ppm 
-<Aug31-2016> <17:13:38>  >>>> ZSIGP 
-<Aug31-2016> <17:13:50>  >>>> ZSIGD 
-<Aug31-2016> <17:14:11>  >>>> ZSIGS 
-<Aug31-2016> <17:15:39>  NMR Shielding ADF-GUI atom   H(7):          80.25 ppm 
-<Aug31-2016> <17:15:39>  NORMAL TERMINATION 
-<Aug31-2016> <17:15:39>  END 
-</code> 
- 
- 
- 
-点击SCM LOGO > Output，弹出out窗口之后，选择Other properties > NMR Shielding (NMR program)，可以看到详细的数据（包括顺磁、逆磁、自旋轨道耦合三者对屏蔽张量、各向同性化学位移对贡献）： 
- 
-<code bash> 
-****  N U C L E U S : H(8) 
-  
- ADF-GUI atom: H(8) 
- Internal NMR numbering of atoms: H(8) 
-  
-  
-================================================================================ 
-  
-  
-=== UNSCALED: PARAMAGNETIC NMR SHIELDING TENSORS (ppm) 
-  
-    ===     paramagnetic b^(1) tensor       ===     paramagnetic u^(1) tensor 
-    -----------------------------------     ----------------------------------- 
-           0.000     0.000     0.000             -48.453  -155.612   134.822 
-           0.000     0.000     0.000            -155.612   139.307   140.443 
-           0.000     0.000     0.000             134.822   140.443   704.734 
-    -----------------------------------     ----------------------------------- 
-              isotropic =      0.000                  isotropic =    265.196 
- 
-    ===     paramagnetic s^(1) tensor       ===     paramagnetic gauge tensor 
-    -----------------------------------     ----------------------------------- 
-           0.486     1.820    -7.868               0.013     0.011    -7.607 
-           1.820    -0.612    -4.628               0.011     0.008    -4.314 
-          -7.868    -4.628     2.764              -7.607    -4.314     9.839 
-    -----------------------------------     ----------------------------------- 
-              isotropic =      0.879                  isotropic =      3.287 
- 
-                        *********************************** 
-                        CARTESIAN AXIS REPRESENTATION 
- 
-                        ==== total paramagnetic tensor 
-                        ----------------------------------- 
-                             -47.954  -153.781   119.347 
-                            -153.781   138.702   131.501 
-                             119.347   131.501   717.337 
-                        ----------------------------------- 
-                                  isotropic =    269.362 
- 
-                        *********************************** 
-                        ----------------------------------- 
-                        PRINCIPAL AXIS REPRESENTATION 
- 
-                        ==== Principal components: 
- 
-                            -166.916   219.820   755.181 
-  
-                        ==== Principal Axis System: 
- 
-                              -0.842     0.528     0.111 
-                              -0.505    -0.844     0.181 
-                               0.189     0.096     0.977 
-                        ----------------------------------- 
-  
-================================================================================ 
-  
-  
-=== UNSCALED: DIAMAGNETIC NMR SHIELDING TENSORS (ppm) 
-  
-    ===       diamagnetic core tensor       ===    diamagnetic valence tensor 
-    -----------------------------------     ----------------------------------- 
-           0.000     0.000     0.000              41.492     8.895     0.026 
-           0.000     0.000     0.000               8.895    30.030     0.016 
-           0.000     0.000     0.000               0.026     0.016    20.540 
-    -----------------------------------     ----------------------------------- 
-              isotropic =      0.000                  isotropic =     30.687 
- 
-                        *********************************** 
-                        CARTESIAN AXIS REPRESENTATION 
- 
-                        ==== total diamagnetic tensor 
-                        ----------------------------------- 
-                              41.492     8.895     0.026 
-                               8.895    30.030     0.016 
-                               0.026     0.016    20.540 
-                        ----------------------------------- 
-                                  isotropic =     30.687 
- 
-                        *********************************** 
-                        ----------------------------------- 
-                        PRINCIPAL AXIS REPRESENTATION 
- 
-                        ==== Principal components: 
- 
-                              20.540    25.180    46.342 
-  
-                        ==== Principal Axis System: 
- 
-                              -0.001     0.479    -0.878 
-                              -0.001    -0.878    -0.479 
-                               1.000    -0.000    -0.001 
-                        ----------------------------------- 
-  
-================================================================================ 
-  
-  
-=== UNSCALED: SPIN-ORBIT NMR SHIELDING TENSORS (ppm) 
-  
-    ===       spin-orbit b^(1) tensor       ===       spin-orbit u^(1) tensor 
-    -----------------------------------     ----------------------------------- 
-           0.000     0.000     0.000             -12.782    -1.764     0.000 
-           0.000     0.000     0.000              -1.764   -11.778     0.020 
-           0.000     0.000     0.000               0.000     0.020     0.228 
-    -----------------------------------     ----------------------------------- 
-              isotropic =      0.000                  isotropic =     -8.111 
- 
-    ===       spin-orbit s^(1) tensor       ===       spin-orbit gauge tensor 
-    -----------------------------------     ----------------------------------- 
-           0.010     0.015    -0.002              -0.019    -0.010    -0.002 
-           0.015    -0.012     0.005              -0.010    -0.006    -0.002 
-          -0.002     0.005     0.003              -0.002    -0.002     0.014 
-    -----------------------------------     ----------------------------------- 
-              isotropic =      0.000                  isotropic =     -0.004 
- 
-                        *********************************** 
-                        CARTESIAN AXIS REPRESENTATION 
- 
-                        ==== total spin-orbit tensor 
-                        ----------------------------------- 
-                             -12.791    -1.759    -0.003 
-                              -1.759   -11.795     0.022 
-                              -0.003     0.022     0.244 
-                        ----------------------------------- 
-                                  isotropic =     -8.114 
- 
-                        *********************************** 
-                        ----------------------------------- 
-                        PRINCIPAL AXIS REPRESENTATION 
- 
-                        ==== Principal components: 
- 
-                             -14.122   -10.465     0.244 
-  
-                        ==== Principal Axis System: 
- 
-                               0.798     0.603    -0.001 
-                               0.603    -0.798     0.002 
-                              -0.001     0.002     1.000 
-                        ----------------------------------- 
-  
-================================================================================ 
-  
-  
-=== UNSCALED: TOTAL NMR SHIELDING TENSOR (ppm) 
-  
-                        *********************************** 
-                        CARTESIAN AXIS REPRESENTATION 
- 
-                        ==== total shielding tensor 
-                        ----------------------------------- 
-                             -19.253  -146.646   119.370 
-                            -146.646   156.938   131.539 
-                             119.370   131.539   738.121 
-                        ----------------------------------- 
-                                  isotropic =    291.935 
- 
-                        *********************************** 
-                        ----------------------------------- 
-                        PRINCIPAL AXIS REPRESENTATION 
- 
-                        ==== Principal components: 
- 
-                            -135.121   234.638   776.288 
-  
-                        ==== Principal Axis System: 
- 
-                              -0.840     0.531     0.113 
-                              -0.508    -0.842     0.181 
-                               0.191     0.094     0.977 
-                        ----------------------------------- 
-</code> 
- 
-其中TOTAL NMR SHIELDING TENSOR等于PARAMAGNETIC NMR SHIELDING TENSORS、DIAMAGNETIC NMR SHIELDING TENSORS、SPIN-ORBIT NMR SHIELDING TENSORS之和；isotropic也类似，isotropic = 291.935实际上就是顺磁、逆磁、旋轨耦合三者对isotropic加和。 
- 
-=====Scalar方法计算开壳层NMR化学位移===== 
- 
-====参数设置==== 
-与Spin-Orbit非常类似，差别：Spin Polarization、Unrestricted需要正确设置，Relativity设置为Scalar，Symmetry使用默认Auto即可： 
- 
-{{ :adf:socnmr04.png?600 |}} 
- 
-保存任务，之后，修改*.run文件。即，增加一行ALLINONE，在nmr输入文件中，如下图所示： 
- 
-{{ :adf:socnmr05.png?500 |}} 
- 
-ADFjobs窗口选中任务，之后点击Job >run提交任务，或将*.run文件提交到服务器上运行。不能使用ADFinput > File >run提交，因为这样会覆盖掉刚刚加入的ALLINONE关键词。 
- 
-==== 结果查看==== 
- 
  
adf/nmr-openshell.1472636594.txt.gz · 最后更改: 2016/08/31 17:43 由 liu.jun

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