差别

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--- adf:moleculesonsurface [2020/11/26 11:45] – liu.jun
+++ adf:moleculesonsurface [2024/04/24 10:05] (当前版本) – liu.jun
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-======创建固体表面，并均匀加入其它气体、液体分子======
+======【入门基础教程】创建固体表面，并均匀加入其它气体、液体分子======
 =====创建固体表面=====
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   * 鼠标选中某个原子，则切面经过该原子
-**切好后，周期性更改为Bulk**，在Model - Latice中可以修改3*3矩阵最后一个数值，该值是垂直表面方向，Cell的尺寸。其值的大小，与我们希望添加的分子多少密切相关，空间越大，可添加的分子越多。
+**切好后，周期性更改为Bulk**，在Model → Latice中可以修改3*3矩阵最后一个数值，该值是垂直表面方向，Cell的尺寸。其值的大小，与我们希望添加的分子多少密切相关，空间越大，可添加的分子越多。
 {{ :adf:2020slabandmolecules04.png?650 }}
-扩大表面(制作5*5*1的超胞)：雪花图标 - Generate Super Cell，对角项数值设置为5、5、1。得到如下模型：
+扩大表面(制作5*5*1的超胞)：❄ → Generate Super Cell，对角项数值设置为5、5、1。得到如下模型：
 {{ :adf:2020slabandmolecules05.png?650 }}
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   * 第一个红框：设置加入多少个分子
   * 第二个红框：可以输入一些常见分子的名字，这些分子在AMS分子库里面有，比如water，之后可以选择数据库里面的分子
-  * 第三个红框：如果不是常见分子，那么用户自己需要在AMSinput创建这个分子的xyz文件，File - Export Coordinates导出分子的xyz文件。然后，可以点击此处导入之前准备好的*.xyz文件
+  * 第三个红框：如果不是常见分子，那么用户自己需要在AMSinput创建这个分子的xyz文件，File → Export Coordinates导出分子的xyz文件。然后，可以点击此处导入之前准备好的*.xyz文件
   * 第四个红框：分子与分子、固体表面之间的最小间距，默认就是2.5埃
   * 第五个红框是加入分子之后，整个体系的密度
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 =====检查添加了多少个分子=====
-之所以检查，是因为我们限制了分子间距，虽然设定了添加一定数量的分子，但空间的大小使得程序未必能够把这么大数量的分子完全添加进去。本例中，我们选中O一个原子，然后菜单栏Selcet - Select Atoms Of Same Type，从而选中所有O原子，总共多少个O原子，就添加了多少个水分子：
+之所以检查，是因为我们限制了分子间距，虽然设定了添加一定数量的分子，但空间的大小使得程序未必能够把这么大数量的分子完全添加进去。本例中，我们选中O一个原子，然后菜单栏Selcet → Select Atoms Of Same Type，从而选中所有O原子，总共多少个O原子，就添加了多少个水分子：
 {{ :adf:2020slabandmolecules08.png?650 }}
-当然也可以选中表面某个原子，然后Ctrl m键将选中整个表面，然后菜单栏Selcet - Invert Selection反选，从而除表面外，所有原子都选中了，原子个数 ÷ 每个分子的原子数 = 分子数。
+当然也可以选中表面某个原子，然后Ctrl m键将选中整个表面，然后菜单栏Selcet → Invert Selection反选，从而除表面外，所有原子都选中了，原子个数 ÷ 每个分子的原子数 = 分子数。

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