如果有现成的晶体结构（比如pdb或者cif格式），在AMSinput中，切换到ReaxFF模块，File > Import Coordinates导入该文件即可。Model - Region，点击－按钮，去掉region（软件默认将其作为一个region，在本例中与region功能没有关系，所以去掉与否都没有影响，但有的功能与region有关系，比如不同分区设置不一样的温度，就有关系，需要去掉这种默认的分区）。

或者利用AMS自带结构数据库，这里以单晶硅为例：

默认显示的晶格元胞不太符合我们的使用习惯，因此转换一下元胞：

View - Periodic - Show Unit Cell:

点击底部四边形按钮，切出表面：

• Number of Layers，控制厚度
• Miller Indices，米勒指数控制切面的方向
• 鼠标选中某个原子，则切面经过该原子

切好后，周期性更改为Bulk，在Model - Latice中可以修改3*3矩阵最后一个数值，该值是垂直表面方向，Cell的尺寸。其值的大小，与我们希望添加的分子多少密切相关，空间越大，可添加的分子越多。

扩大表面(制作5*5*1的超胞)：雪花图标 - Generate Super Cell，对角项数值设置为5、5、1。得到如下模型：

超胞做完之后，Edit > Builder，弹出如下窗口：

上图中，

• 第一个红框：设置加入多少个分子
• 第二个红框：可以输入一些常见分子的名字，这些分子在AMS分子库里面有，比如water，之后可以选择数据库里面的分子
• 第三个红框：如果不是常见分子，那么用户自己需要在AMSinput创建这个分子的xyz文件，File - Export Coordinates导出分子的xyz文件。然后，可以点击此处导入之前准备好的*.xyz文件
• 第四个红框：分子与分子、固体表面之间的最小间距，默认就是2.5埃
• 第五个红框是加入分子之后，整个体系的密度

如果用户不止添加一种分子，那么可以点击上方的Molecules前面的＋，增加一个列表，之后同样输入个数、名字（或导入xyz文件）。

之后，点击Generate Molecules即可：

之所以检查，是因为我们限制了分子间距，虽然设定了添加一定数量的分子，但空间的大小使得程序未必能够把这么大数量的分子完全添加进去。本例中，我们选中O一个原子，然后菜单栏Selcet - Select Atoms Of Same Type，从而选中所有O原子，总共多少个O原子，就添加了多少个水分子：

当然也可以选中表面某个原子，然后Ctrl m键将选中整个表面，然后菜单栏Selcet - Invert Selection反选，从而除表面外，所有原子都选中了，原子个数 ÷ 每个分子的原子数 = 分子数。