如果有现成的晶体结构（比如pdb或者cif格式，大多数xyz格式一般没有晶格常数所以不太用于描述晶体），在ADFinput中，切换到ReaxFF模块，File > Import Coordinates导入该文件即可。如下图所示，去掉region（软件默认将其作为一个region，在本例中与region功能没有关系，所以去掉与否都没有影响，但有的功能与region有关系，比如不同分区设置不一样的温度，就有关系，需要去掉这种默认的分区）。

利用AMS自带结构数据库创建单晶硅：

View - Periodic - Show Unit Cell:

点击底部四边形按钮，切出表面（Number of Layers控制厚度）：

扩大表面(制作5*5*1的超胞)：

得到如下模型，并修改盒子的Z方向尺寸，以控制真空层的厚度：

超胞做完之后，Edit > Builder，弹出如下窗口：

上图中，第一个红色方框内的数字，设置加入多少个分子，第二个红色框可以输入一些常见分子的名字，这些分子在ADF分子库里面有，比如water。如果不是常见分子，那么用户自己需要创建这个分子的xyz文件（创建分子参考建模：ADF模块分子的基本建模功能演示（视频），导出分子的xyz文件（File > Export Coordinates，之后输入导出文件的名字，比如123.xyz）即可。在此处可以点击第三个红框导入之前准备好的分子坐标文件(*.xyz）。

第四个红框，是用户可以设置分子与分子、固体表面之间的最小间距，默认就是2.5埃。第五个红框是加入分子之后，整个体系的密度。

如果用户不止添加一种分子，那么可以点击上方的➕molecules，增加一个列表，之后同样输入个数、名字（或导入xyz文件）。

之后，点击Generate Molecules即可：