差别

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--- adf:moleculesonsurface [2019/12/10 16:05] – [创建固体表面] liu.jun
+++ adf:moleculesonsurface [2024/04/24 10:05] (当前版本) – liu.jun
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-======创建固体表面，并均匀加入其它气体、液体分子======
+======【入门基础教程】创建固体表面，并均匀加入其它气体、液体分子======
 =====创建固体表面=====
-如果有现成的晶体结构（比如pdb或者cif格式，大多数xyz格式一般没有晶格常数所以不太用于描述晶体），在ADFinput中，切换到ReaxFF模块，File > Import Coordinates导入该文件即可。如下图所示，去掉region（软件默认将其作为一个region，在本例中与region功能没有关系，所以去掉与否都没有影响，但有的功能与region有关系，比如不同分区设置不一样的温度，就有关系，需要去掉这种默认的分区）。
+如果有现成的晶体结构（比如pdb或者cif格式），在AMSinput中，切换到ReaxFF模块，File > Import Coordinates导入该文件即可。Model - Region，点击－按钮，去掉region<color lightgrey>（软件默认将其作为一个region，在本例中与region功能没有关系，所以去掉与否都没有影响，但有的功能与region有关系，比如不同分区设置不一样的温度，就有关系，需要去掉这种默认的分区）</color>。
-利用AMS自带结构数据库创建单晶硅：
+或者利用AMS自带结构数据库，这里以单晶硅为例：
-{{ :adf:gcmc201903.png?650 }}
+{{ :adf:2020slabandmolecules01.png?650 }}
-{{ :adf:gcmc201904.png?650 }}
+默认显示的晶格元胞不太符合我们的使用习惯，因此转换一下元胞：
+{{ :adf:2020slabandmolecules02.png?650 }}
 View - Periodic - Show Unit Cell:
-{{ :adf:gcmc201905.png?650 }}
+{{ :adf:2020slabandmolecules03.png?650 }}
-点击底部四边形按钮，切出表面（Number of Layers控制厚度）：
+点击底部四边形按钮，切出表面：
-{{ :adf:gcmc201906.png?650 }}
+  * Number of Layers，控制厚度
+  * Miller Indices，米勒指数控制切面的方向
+  * 鼠标选中某个原子，则切面经过该原子
-扩大表面(制作5*5*1的超胞)：
+**切好后，周期性更改为Bulk**，在Model → Latice中可以修改3*3矩阵最后一个数值，该值是垂直表面方向，Cell的尺寸。其值的大小，与我们希望添加的分子多少密切相关，空间越大，可添加的分子越多。
-{{ :adf:gcmc201906_2.png?450 }}
+{{ :adf:2020slabandmolecules04.png?650 }}
-{{ :adf:gcmc201906_3.png?250 }}
+扩大表面(制作5*5*1的超胞)：❄ → Generate Super Cell，对角项数值设置为5、5、1。得到如下模型：
-得到如下模型，并修改盒子的Z方向尺寸，以控制真空层的厚度：
-{{ :adf:gcmc201906_4.png?250 }}
+{{ :adf:2020slabandmolecules05.png?650 }}
 ===== 均匀加入其它气体、液体分子=====
 超胞做完之后，Edit > Builder，弹出如下窗口：
-{{ :adf:moleculeonsurface06.png?650 |}}
+{{ :adf:2020slabandmolecules06.png?650 }}
-上图中，第一个红色方框内的数字，设置加入多少个分子，第二个红色框可以输入一些常见分子的名字，这些分子在ADF分子库里面有，比如water。如果不是常见分子，那么用户自己需要创建这个分子的xyz文件（创建分子参考[[https://www.jianguoyun.com/p/Dfq5zjUQmZ2ZBhjprSc|建模：ADF模块分子的基本建模功能演示（视频）]]，导出分子的xyz文件（File > Export Coordinates，之后输入导出文件的名字，比如123.xyz）即可。在此处可以点击第三个红框导入之前准备好的分子坐标文件(*.xyz）。
+上图中，
+  * 第一个红框：设置加入多少个分子
+  * 第二个红框：可以输入一些常见分子的名字，这些分子在AMS分子库里面有，比如water，之后可以选择数据库里面的分子
+  * 第三个红框：如果不是常见分子，那么用户自己需要在AMSinput创建这个分子的xyz文件，File → Export Coordinates导出分子的xyz文件。然后，可以点击此处导入之前准备好的*.xyz文件
+  * 第四个红框：分子与分子、固体表面之间的最小间距，默认就是2.5埃
+  * 第五个红框是加入分子之后，整个体系的密度
-第四个红框，是用户可以设置分子与分子、固体表面之间的最小间距，默认就是2.5埃。第五个红框是加入分子之后，整个体系的密度。
+如果用户不止添加一种分子，那么可以点击上方的Molecules前面的＋，增加一个列表，之后同样输入个数、名字（或导入xyz文件）。
-如果用户不止添加一种分子，那么可以点击上方的➕molecules，增加一个列表，之后同样输入个数、名字（或导入xyz文件）。
 之后，点击Generate Molecules即可：
-{{ :adf:moleculeonsurface07.png?650 |}}
+{{ :adf:2020slabandmolecules07.png?650 }}
-分子如此就均匀分布在真空区域了。本例中，因为要求分子间距不低于2.5埃，所以有一些分子就放不进去，默认放进去的分子就不足100了，系统自动将那些加不进来的分子去掉了。这时候，整个体系就不在Cell的中心。这实际上对计算没有任何影响，但可能为了好看，可以将其移动进去，如下图操作：
-{{ :adf:moleculeonsurface08.png?650 |}}
+=====检查添加了多少个分子=====
+之所以检查，是因为我们限制了分子间距，虽然设定了添加一定数量的分子，但空间的大小使得程序未必能够把这么大数量的分子完全添加进去。本例中，我们选中O一个原子，然后菜单栏Selcet → Select Atoms Of Same Type，从而选中所有O原子，总共多少个O原子，就添加了多少个水分子：
-完成。
+{{ :adf:2020slabandmolecules08.png?650 }}
-可以可以修改一下显示的方式：[[adf:modifyatomsdisplay]]
+当然也可以选中表面某个原子，然后Ctrl m键将选中整个表面，然后菜单栏Selcet → Invert Selection反选，从而除表面外，所有原子都选中了，原子个数 ÷ 每个分子的原子数 = 分子数。

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