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--- adf:mdmc [2016/07/12 17:16] – 创建 liu.jun
+++ adf:mdmc [2020/05/21 15:25] (当前版本) – [注意] liu.jun
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-======如何进行分子动力学/蒙特卡洛混合模拟（MD/MC）======
+======如何进行分子动力学/蒙特卡洛混合模拟（fbMC）加速表面催化过程模拟======
 掌握石墨烯的生长过程是合成石墨烯的关键。通过基于反应力场的经典分子动力学模拟，能够弄清不同温度下，镍（111）面的石墨烯生长的结构演化和动力学过程。发现低C原子浓度时，C原子倾向于向镍内部扩散；高浓度的C原子才会形成石墨烯“岛”。并发行在大约1000K时的退火过程，会使得石墨烯的质量显著改善。此外石墨烯“岛”可以通过“自愈能力”捕获周边沉积的C原子，形成更大的石墨烯“岛”。这些ReaxFF模拟得到的基本的观察和理解，对控制石墨烯的化学气相生长的控制具有指导意义。这种模拟正是通过ReaxFF支持MD过程混入fbMC（Force biased Monte Carlo）。
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-在常规的分子动力学模拟之外，增加设置如下：
+在常规的分子动力学模拟（软件使用中文教程参考：[[adf:simplestexample]]）之外，增加设置如下：
-{{ :adf:reaxffmdmc01.jpg |}}
+{{ :adf:reaxffmdmc02.png?450 }}
 **这三个参数的含义：**
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   * Max atom displacement，即MC每一步之间原子的最大位移量
-此例中，我将Main页面的Number of iterations设置为100000。那么我得到的模拟动画将是：
+=====注意=====
-  - Iteration 0到Iteration 39950之间，显示的是连贯的分子动力学模拟的原子运动轨迹；
+  - 分子间的反应，Frequency of fbMC steps设置的小一些好一些，例如300，Number of fbMC steps也设置差不多的数值，例如300或200、100，这个值越小，发生反应的可能性也变大
-  - Iteration 40000与Iteration 39950之间有一个突变，这个突变是因为中间插入了MC，但动画里面没有显示MC（MC没有轨迹的概念）；
+  - Max atom displacement，这个值越大，相当于“温度”越高，但没有很明确的对应关系，用户可以在模拟过程中测试不同的值，但一般都大于0.1。选取这个值的原则是：可以尽量大，越大加速效果越显著，但另一个原则是，整个分子系统不能崩溃
-  - Iteration 40000到Iteration 79950之间显示的是连贯的分子动力学模拟的原子运动轨迹；
+  - 动画过程不显示MC的轨迹，因此如果Number of fbMC steps比较大，动画里面会有间歇性的“跳变”，这是因为跳过了MC的“帧”
-  - Iteration 80000与Iteration 79950之间有一个突变，这个突变是因为中间插入了MC，但动画里面没有显示MC；
-  - Iteration 80000到Iteration 100000之间是连贯的分子动力学模拟
-**也就是说：**
-  - Main页面设置的步数最好大一些，不要正好等于40000，那样可能显示不出有用的信息
-  - 如果固体表面还没有形成比较强的吸附键，这个时候直接进行MC会很有MC的效果，即找到随机的、最有的吸附位点；如果已经形成了强吸附键，那么此时启动MC则意义不大，所以我们可以在上面的动画过程中看到，突变（这是我们需要的）只发生在那些飘在真空的分子，而没有发生在吸附在固体表面的分子。

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