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adf:mdmc

这是本文档旧的修订版!


如何进行分子动力学/蒙特卡洛混合模拟(MD/MC)

掌握石墨烯的生长过程是合成石墨烯的关键。通过基于反应力场的经典分子动力学模拟,能够弄清不同温度下,镍(111)面的石墨烯生长的结构演化和动力学过程。发现低C原子浓度时,C原子倾向于向镍内部扩散;高浓度的C原子才会形成石墨烯“岛”。并发行在大约1000K时的退火过程,会使得石墨烯的质量显著改善。此外石墨烯“岛”可以通过“自愈能力”捕获周边沉积的C原子,形成更大的石墨烯“岛”。这些ReaxFF模拟得到的基本的观察和理解,对控制石墨烯的化学气相生长的控制具有指导意义。这种模拟正是通过ReaxFF支持MD过程混入fbMC(Force biased Monte Carlo)。

参考文献:J. Phys. Chem. C 2012, 116, 6097−6102

在常规的分子动力学模拟之外,增加设置如下:

这三个参数的含义:

  • Frequency of fbMC steps,即每进行多少步MD,启动一回MC
  • Number of fbMC steps,即每次MC运行的步数
  • Max atom displacement,即MC每一步之间原子的最大位移量

此例中,我将Main页面的Number of iterations设置为100000。那么我得到的模拟动画将是:

  1. Iteration 0到Iteration 39950之间,显示的是连贯的分子动力学模拟的原子运动轨迹;
  2. Iteration 40000与Iteration 39950之间有一个突变,这个突变是因为中间插入了MC,但动画里面没有显示MC(MC没有轨迹的概念);
  3. Iteration 40000到Iteration 79950之间显示的是连贯的分子动力学模拟的原子运动轨迹;
  4. Iteration 80000与Iteration 79950之间有一个突变,这个突变是因为中间插入了MC,但动画里面没有显示MC;
  5. Iteration 80000到Iteration 100000之间是连贯的分子动力学模拟

也就是说:

  1. Main页面设置的步数最好大一些,不要正好等于40000,那样可能显示不出有用的信息
  2. 如果固体表面还没有形成比较强的吸附键,这个时候直接进行MC会很有MC的效果,即找到随机的、最有的吸附位点;如果已经形成了强吸附键,那么此时启动MC则意义不大,所以我们可以在上面的动画过程中看到,突变(这是我们需要的)只发生在那些飘在真空的分子,而没有发生在吸附在固体表面的分子。
adf/mdmc.1468314968.txt.gz · 最后更改: 2016/07/12 17:16 由 liu.jun

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