adf:hbondanalysis
差别
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| adf:hbondanalysis [2019/12/18 20:04] – [ADF计算操作流程] liu.jun | adf:hbondanalysis [2021/10/12 17:45] (当前版本) – liu.jun |
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| 建模的操作，参考：[[adf:buildmodel|AMS软件建模教程]] | 建模的操作，参考：[[adf:buildmodel|AMS软件建模教程]] |
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| <color blue>参数设置参考2.1节ADF操作图示1所示，如果能量震荡较为明显可以参考“费米维基：[[adf:geoopt]]”。注意如ADF操作图示1所示，将结构对称化为Cs群。结构优化任务文件名，此处命名为01Geo。产生的各种文件都自动以01Geo添加对应的后缀，例如日志文件名为01Geo.logfile。详见计算文件包下载链接。</color> | <color blue>参数设置参考2.1节ADF操作图示1所示，如果能量震荡较为明显可以参考“费米维基：[[adf:geoopt2020]]”。注意如ADF操作图示1所示，将结构对称化为Cs群。结构优化任务文件名，此处命名为01Geo。产生的各种文件都自动以01Geo添加对应的后缀，例如日志文件名为01Geo.logfile。详见计算文件包下载链接。</color> |
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| <color blue>优化完成后（在*.adf文件同级目录内，有了*.logfile和*.t21文件），在该任务的ADFinput窗口（或者ADFjobs窗口将结构优化任务这一栏目选中，变成灰色），SCM LOGO > Movie，则打开该任务结构优化动画。动画自动播放到最后一帧，然后点击File-update Geometry in ADFinput。如此最后一帧优化成功得到的分子结构将更新到ADFinput窗口。</color> | <color blue>优化完成后（在*.adf文件同级目录内，有了*.logfile和*.t21文件），在该任务的ADFinput窗口（或者ADFjobs窗口将结构优化任务这一栏目选中，变成灰色），SCM LOGO > Movie，则打开该任务结构优化动画。动画自动播放到最后一帧，然后点击File-update Geometry in ADFinput。如此最后一帧优化成功得到的分子结构将更新到ADFinput窗口。</color> |
| 对于不同的二聚体的同一种的施主-受主相互作用，A和T的较小类似模仿结构在σ电子体系中，需要具有相同的前线分子轨道。图4所示为A、A’、A’’以及T、T’、T’’的前线轨道图。这些轨道，除A’’和T’’的之σ<sub>HOMO-1</sub>外（各自都只有一个接受质子的N 或O，因此只有一个孤对特征轨道），都非常相似。施主-受主相互作用发生于A（A’、A’’）的σ<sub>HOMO-1</sub>和σ<sub>HOMO</sub>，以及T（T’、T’’）的σ<sub>LUMO+1</sub>或σ<sub>LUMO</sub>，以及A（A’、A’’）的σ<sub>LUMO</sub>和σ<sub>LUMO+1</sub>。注意：对于N …(H)N氢键，A’’施主-受主相互作用只发生于A’’的σ<sub>HOMO</sub>和T、T’、T’’的σ<sub>LUMO+1</sub>或σ<sub>LUMO</sub>之间；对于N(H)…O氢键，T’’施主-受主相互作用只发生于T’’的σ<sub>HOMO</sub>和A、A’、A’’的σ<sub>LUMO+1</sub>或σ<sub>LUMO</sub>之间。 | 对于不同的二聚体的同一种的施主-受主相互作用，A和T的较小类似模仿结构在σ电子体系中，需要具有相同的前线分子轨道。图4所示为A、A’、A’’以及T、T’、T’’的前线轨道图。这些轨道，除A’’和T’’的之σ<sub>HOMO-1</sub>外（各自都只有一个接受质子的N 或O，因此只有一个孤对特征轨道），都非常相似。施主-受主相互作用发生于A（A’、A’’）的σ<sub>HOMO-1</sub>和σ<sub>HOMO</sub>，以及T（T’、T’’）的σ<sub>LUMO+1</sub>或σ<sub>LUMO</sub>，以及A（A’、A’’）的σ<sub>LUMO</sub>和σ<sub>LUMO+1</sub>。注意：对于N …(H)N氢键，A’’施主-受主相互作用只发生于A’’的σ<sub>HOMO</sub>和T、T’、T’’的σ<sub>LUMO+1</sub>或σ<sub>LUMO</sub>之间；对于N(H)…O氢键，T’’施主-受主相互作用只发生于T’’的σ<sub>HOMO</sub>和A、A’、A’’的σ<sub>LUMO+1</sub>或σ<sub>LUMO</sub>之间。 |
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| <color blue>**图3所示信息对应的ADF软件操作（使用ETS-NOCV功能，通过分析NOCV的电子转移情况，可以更容易得到图3信息，具体可以参考[[adf:theoryofets-nocv]]、[[adf:nocv-disdinguishbonding]]）：**</color> | <color blue>**图3所示信息对应的ADF软件操作（使用ETS-NOCV功能，通过分析NOCV的电子转移情况，可以更容易得到图3信息，具体可以参考[[adf:theoryofets-nocv]]、[[adf:nocv-disdinguishbonding2020]]）：**</color> |
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| 注意：这个图与ADF操作图示8虽然恨接近，事实上，也是经由该图衍生的到的信息。不过并不是直接就是该图。事实是，图3所示的，是轨道相互作用部分，而轨道相互作用是对应着电子的转移（从一个片段的占据轨道转移到另一个空轨道），因此，实际上这个图对应的是表1的内容。也就是： | 注意：这个图与ADF操作图示8虽然恨接近，事实上，也是经由该图衍生的到的信息。不过并不是直接就是该图。事实是，图3所示的，是轨道相互作用部分，而轨道相互作用是对应着电子的转移（从一个片段的占据轨道转移到另一个空轨道），因此，实际上这个图对应的是表1的内容。也就是： |
adf/hbondanalysis.1576670677.txt.gz · 最后更改: 2019/12/18 20:04 由 liu.jun
