adf:geoopt
差别
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| adf:geoopt [2019/12/04 22:18] – liu.jun | adf:geoopt [2020/11/12 18:46] (当前版本) – 移除 liu.jun | ||
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| 行 1: | 行 1: | ||
| - | ====== 如何优化分子的几何结构 ====== | ||
| - | 本教程使用软件版本AMS2019.301。 | ||
| - | 此处以氧气分子举例：优化中性< | ||
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| - | =====参数设置===== | ||
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| - | ====注意==== | ||
| - | - O2的基态是三重态（两个电子未配对），因此Spin Polarization设为2< | ||
| - | - 体系基态处于单重态还是三重态，一般而言是由二者能量决定的，谁的能量低，就是谁； | ||
| - | - 结构优化，除了存在范德华力之外，一般对泛函、基组不太敏感，不同的参数优化出来结果几乎差别很小，而这样小的差别往往对其他性质的计算没有影响； | ||
| - | - 大体系的优化，为了提高效率，一般并不会一开始就使用精度较高的方法、基组，开始使用低精度的方法、基组，优化结束后，使用收敛的结果，增大基组，使用更高精度的泛函，接着优化，这样能在保证精度的前提下，极大地节省计算时间； | ||
| - | - <color green> | ||
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| - | 在ADFinput分别点击file-save，file-run，即运行计算。或者提交到服务器计算，具体参考：[[adf: | ||
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| - | =====结果查看===== | ||
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| - | 计算结束后，查看结果：SCM - Logfile，尾部： | ||
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| - | 注意：优化过程会不断地计算不同的分子结构，直到找到最低能量的结构为止。收敛标准得到5个T表示五个收敛标准都达到。其中第二个标准最重要，一般也是最后一个达到的，第二个标准是势能面的梯度最大值。这个标准非常严格，对于大量过渡金属参与的化学反应，过渡态搜索，有可能达不到这样严格的标准，一般到0.003左右也可以认为收敛了，可以将对应的分子结构拿来使用。 | ||
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| - | 优化过程结构变化的查看： | ||
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| - | {{adf: | ||
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| - | 查看能量的变化： | ||
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| - | {{adf: | ||
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| - | 查看键长的变化： | ||
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| - | 安住shift键，即可选择多个原子，如图所示，安住shift键，分别选中两个O原子，原子变为高亮，表示被选中。 | ||
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| - | {{adf: | ||
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| - | 然后 | ||
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| - | {{adf: | ||
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| - | 右方出现键长变化的图，窗口下方也会出现每一步的具体键长数值。 | ||
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| - | 注意：键角、二面角也是类似，选中对应的原子，然后选择上面的选项即可。 | ||
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| - | 如果要将某一帧（往往需要导出最后一帧）的结构导出，参考： | ||
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| - | * [[adf: | ||
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| - | 到此优化过程完成！ | ||
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| - | 一般结构优化完成之后，会进行频率计算，检查是不是存在虚频。如果存在虚频，则表示优化不精确，需要继续优化。但这个问题在ADF一般很少出现。因此，对于非弱键的体系，都可以省去这一步。如果不放心，可以进行频率计算。 | ||
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| - | ADF软件提供**免费试用**（一般为一个月），试用申请方式参见**费米科技维基百科：[[adf: | ||
adf/geoopt.1575469114.txt.gz · 最后更改: 2019/12/04 22:18 由 liu.jun