本教程使用软件版本AMS2019.301。

此处以氧气分子举例：优化中性<chem>O2</chem>分子：

1. O2的基态是三重态（两个电子未配对），因此Spin Polarization设为2（其他例如水分子，基态是单重态，所有电子配对，那么Spin Polarization则为默认值0）
2. 体系基态处于单重态还是三重态，一般而言是由二者能量决定的，谁的能量低，就是谁；
3. 结构优化，除了存在范德华力之外，一般对泛函、基组不太敏感，不同的参数优化出来结果几乎差别很小，而这样小的差别往往对其他性质的计算没有影响；
4. 大体系的优化，为了提高效率，一般并不会一开始就使用精度较高的方法、基组，开始使用低精度的方法、基组，优化结束后，使用收敛的结果，增大基组，使用更高精度的泛函，接着优化，这样能在保证精度的前提下，极大地节省计算时间；
5. 结构优化Numerical Quality设置为Normal即可，与Good几乎没有任何差别，但后者计算量比前者大好几倍；

在ADFinput分别点击file-save，file-run，即运行计算。或者提交到服务器计算，具体参考：提交作业

计算结束后，查看结果：SCM - Logfile，尾部：

<Dec04-2019> <22:08:51>  current energy                               -0.35356828 Hartree
<Dec04-2019> <22:08:51>  energy change                      -0.00000243     0.00100000    T
<Dec04-2019> <22:08:51>  constrained gradient max            0.00016137     0.00100000    T
<Dec04-2019> <22:08:51>  constrained gradient rms            0.00009317     0.00066667    T
<Dec04-2019> <22:08:51>  gradient max                        0.00016137
<Dec04-2019> <22:08:51>  gradient rms                        0.00009317
<Dec04-2019> <22:08:51>  cart. step max                      0.00003214     0.01000000    T
<Dec04-2019> <22:08:51>  cart. step rms                      0.00001856     0.00666667    T
<Dec04-2019> <22:08:51>  GEOMETRY CONVERGED
<Dec04-2019> <22:08:51>  Calculating Energy Terms for Final Geometry
 Coordinates in Geometry Cycle 8
   Atom         X           Y           Z   (Angstrom)
   1.O         0.000000    0.000000   -0.616495
   2.O         0.000000    0.000000    0.616495
<Dec04-2019> <22:08:51>  >>>> CORORT
<Dec04-2019> <22:08:51>  >>>> CLSMAT
<Dec04-2019> <22:08:51>  >>>> ORTHON
<Dec04-2019> <22:08:51>  >>>> GENPT
<Dec04-2019> <22:08:51>  Block Length= 127
<Dec04-2019> <22:08:51>  >>>> PTBAS
<Dec04-2019> <22:08:51>  >>>> CYCLE
<Dec04-2019> <22:08:51>              |Error|         MaxErr       Wt(A-DIIS)
<Dec04-2019> <22:08:51>      1      0.00000001      0.00000000
<Dec04-2019> <22:08:51>      2      0.00000000      0.00000000    100.0
<Dec04-2019> <22:08:51>  SCF converged
<Dec04-2019> <22:08:51>      3      0.00000000      0.00000000    100.0
<Dec04-2019> <22:08:51>  >>>> TOTEN
<Dec04-2019> <22:08:52>  >>>> POPAN
<Dec04-2019> <22:08:52>  >>>> DEBYE
<Dec04-2019> <22:08:52>  >>>> AMETS
<Dec04-2019> <22:08:52>  >>>> POPUL
<Dec04-2019> <22:08:52>   Bond Energy          -0.35356828 a.u.
<Dec04-2019> <22:08:52>   Bond Energy          -9.62108233 eV
<Dec04-2019> <22:08:52>   Bond Energy        -221.87       kcal/mol
<Dec04-2019> <22:08:52>  NORMAL TERMINATION
<Dec04-2019> <22:08:52>  END

注意：优化过程会不断地计算不同的分子结构，直到找到最低能量的结构为止。收敛标准得到5个T表示五个收敛标准都达到。其中第二个标准最重要，一般也是最后一个达到的，第二个标准是势能面的梯度最大值。这个标准非常严格，对于大量过渡金属参与的化学反应，过渡态搜索，有可能达不到这样严格的标准，一般到0.003左右也可以认为收敛了，可以将对应的分子结构拿来使用。

优化过程结构变化的查看：

查看能量的变化：

查看键长的变化：

安住shift键，即可选择多个原子，如图所示，安住shift键，分别选中两个O原子，原子变为高亮，表示被选中。

然后

右方出现键长变化的图，窗口下方也会出现每一步的具体键长数值。

注意：键角、二面角也是类似，选中对应的原子，然后选择上面的选项即可。

如果要将某一帧（往往需要导出最后一帧）的结构导出，参考：

• 如何将结构优化、分子动力学某一帧结构导出，或更新到AMSinput用于后续计算

到此优化过程完成！

一般结构优化完成之后，会进行频率计算，检查是不是存在虚频。如果存在虚频，则表示优化不精确，需要继续优化。但这个问题在ADF一般很少出现。因此，对于非弱键的体系，都可以省去这一步。如果不放心，可以进行频率计算。

ADF软件提供免费试用（一般为一个月），试用申请方式参见费米科技维基百科：AMS免费试用