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adf:fbmc2020 [2021/07/04 00:22] – liu.jun | adf:fbmc2020 [2021/12/21 18:33] (当前版本) – [ReaxFF-fbMC:加速分子动力学模拟中反应发生] liu.jun | ||
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- | ======ReaxFF-fbMC:加速分子动力学模拟中反应发生====== | + | ======fbMC:加速分子动力学模拟中反应发生====== |
AMS2021中,恢复了AMS2019中的fbMC功能,本例以石墨烯的自我修复为例,演示fbMC的使用。fbMC本身是基于常规分子动力学模拟的,是在常规分子动力学模拟(常见的例如ReaxFF的MD,不常见的DFT的MD、DFTB-MD、MOPAC-MD)中,插入一些蒙特卡洛。这些插入的蒙特卡洛模拟步中,原子将会根据蒙特卡洛的规律,在一定的限制条件下(详见下文),呈现新的随机结构。 | AMS2021中,恢复了AMS2019中的fbMC功能,本例以石墨烯的自我修复为例,演示fbMC的使用。fbMC本身是基于常规分子动力学模拟的,是在常规分子动力学模拟(常见的例如ReaxFF的MD,不常见的DFT的MD、DFTB-MD、MOPAC-MD)中,插入一些蒙特卡洛。这些插入的蒙特卡洛模拟步中,原子将会根据蒙特卡洛的规律,在一定的限制条件下(详见下文),呈现新的随机结构。 | ||
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======基本分子动力学参数设置====== | ======基本分子动力学参数设置====== | ||
+ | 设置力场: | ||
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+ | 设置模拟步数、保存轨迹的频率(默认每100步保存1次轨迹),并设定体系重心不移动 | ||
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+ | 设定系综:算法、温度、damping时长: | ||
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Model - force bias MC(fbMC): | Model - force bias MC(fbMC): | ||
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+ | 其中, | ||
+ | * start step,何时开启fbMC | ||
+ | * stop step,何时终止fbMC | ||
+ | * frequencies,每做多少步MD,做一次fbMC | ||
+ | * number of steps,一次MC做多少步 | ||
+ | * step length,fbMC过程中原子最大位移量 | ||
+ | * Temperature,fbMC的温度,建议与MD的温度一致 | ||
=====结果查看===== | =====结果查看===== | ||
与一般的ReaxFF分子动力学分析没有差别,SCM - Movie: | 与一般的ReaxFF分子动力学分析没有差别,SCM - Movie: | ||
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