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adf:fbmc2020

fbMC:加速分子动力学模拟中反应发生

AMS2021中,恢复了AMS2019中的fbMC功能,本例以石墨烯的自我修复为例,演示fbMC的使用。fbMC本身是基于常规分子动力学模拟的,是在常规分子动力学模拟(常见的例如ReaxFF的MD,不常见的DFT的MD、DFTB-MD、MOPAC-MD)中,插入一些蒙特卡洛。这些插入的蒙特卡洛模拟步中,原子将会根据蒙特卡洛的规律,在一定的限制条件下(详见下文),呈现新的随机结构。

本文以ReaxFF-MD为例进行说明,其他MD加入fbMC操作方式完全一致。

基本分子动力学参数设置

设置力场:

设置模拟步数、保存轨迹的频率(默认每100步保存1次轨迹),并设定体系重心不移动

设定系综:算法、温度、damping时长:

fbMC的设置

Model - force bias MC(fbMC):

其中,

  • start step,何时开启fbMC
  • stop step,何时终止fbMC
  • frequencies,每做多少步MD,做一次fbMC
  • number of steps,一次MC做多少步
  • step length,fbMC过程中原子最大位移量
  • Temperature,fbMC的温度,建议与MD的温度一致

结果查看

与一般的ReaxFF分子动力学分析没有差别,SCM - Movie:

adf/fbmc2020.txt · 最后更改: 2021/12/21 18:33 由 liu.jun

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