adf:eh
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| adf:eh [2021/12/03 13:57] – 创建 liu.jun | adf:eh [2023/02/27 11:25] (当前版本) – 移除 liu.jun | ||
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| 行 1: | 行 1: | ||
| - | ======通过过剩焓筛选共晶溶剂====== | ||
| - | 以伊曲康唑为例，根据文献（ Abramov, Yuriy A., Christoph Loschen, and Andreas Klamt. “Rational coformer or solvent selection for pharmaceutical cocrystallization or desolvation.” Journal of pharmaceutical sciences 101.10 (2012): 3687-3697），能够与伊曲康唑形成共晶的有富马酸、丁二酸、苹果酸、酒石酸，不能形成共晶的有马来酸、丙二酸、戊二酸、己二酸。 | ||
| - | 假如在不清楚伊曲康唑能与哪些溶剂形成共晶的前提下，我们可以通过计算伊曲康唑与这些溶剂之间的过剩焓，来筛选最有可能形成共晶的溶剂。 | ||
| - | =====第一步：结构确定、制作分子的coskf文件===== | ||
| - | 较为准确计算过剩焓的前提是得到这些溶质、溶剂分子的准确三维结构。每种物质的异构体筛选过程可以参考如下视频中，关于结构筛选的部分： | ||
| - | * [[adf: | ||
| - | 补充说明： | ||
| - | * 最后一步特别精确筛选的时候，泛函可以选择Meta GGA：SCAN，Basis set选择DZP，Frozen Core选择None，Numeric Quality选择Good。 | ||
| - | * 生成coskf文件也可以参考上述视频教程。 | ||
| - | * 本例中用到的coskf文件，也可以直接下载：{{ : | ||
| - | |||
| - | =====第二步：计算过剩焓===== | ||
| - | ====脚本的编辑==== | ||
| - | |||
| - | 本教程使用另外的一个{{: | ||
| - | |||
| - | ====脚本的使用==== | ||
| - | 例如生产的各种coskf文件在D: | ||
| - | |||
| - | 编辑脚本中： | ||
| - | < | ||
| - | solute = [" | ||
| - | </ | ||
| - | 这一行，这是溶质的coskf文件名字。 | ||
| - | |||
| - | 以及： | ||
| - | < | ||
| - | solv_list=[ | ||
| - | # | ||
| - | | ||
| - | | ||
| - | </ | ||
| - | 注意： | ||
| - | * 开头的# | ||
| - | * 每一行前面的空格数目最好不要修改。 | ||
| - | * 编辑完毕，ctrl s保存后，即可运行Python脚本。 | ||
| - | |||
| - | 运行脚本： | ||
| - | |||
| - | 在前面打开的命令行中，输入： | ||
| - | < | ||
| - | plams En.py回车 | ||
| - | </ | ||
| - | 经过几秒钟就会输出结果： | ||
| - | |||
| - | {{ : | ||
| - | |||
| - | 图中红色框内即溶质在两种溶剂马来酸、富马酸中的过剩焓，右边是对应的柱状图。将所有溶剂的过剩能都列出来，会发现形成共晶的溶剂是过剩能最低（绝对值最大）的几种，因此这种方法用来筛选最可能形成共晶的溶剂。 | ||
adf/eh.1638511030.txt.gz · 最后更改: 2021/12/03 13:57 由 liu.jun