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adf:eh

这是本文档旧的修订版!


通过过剩焓筛选共晶溶剂

以伊曲康唑为例,根据文献( Abramov, Yuriy A., Christoph Loschen, and Andreas Klamt. “Rational coformer or solvent selection for pharmaceutical cocrystallization or desolvation.” Journal of pharmaceutical sciences 101.10 (2012): 3687-3697),能够与伊曲康唑形成共晶的有富马酸、丁二酸、苹果酸、酒石酸,不能形成共晶的有马来酸、丙二酸、戊二酸、己二酸。

假如在不清楚伊曲康唑能与哪些溶剂形成共晶的前提下,我们可以通过计算伊曲康唑与这些溶剂之间的过剩焓,来筛选最有可能形成共晶的溶剂。

第一步:结构确定、制作分子的coskf文件

较为准确计算过剩焓的前提是得到这些溶质、溶剂分子的准确三维结构。每种物质的异构体筛选过程可以参考如下视频中,关于结构筛选的部分:

补充说明:

  • 最后一步特别精确筛选的时候,泛函可以选择Meta GGA:SCAN,Basis set选择DZP,Frozen Core选择None,Numeric Quality选择Good。
  • 生成coskf文件也可以参考上述视频教程。
  • 本例中用到的coskf文件,也可以直接下载:yqkz.rar

第二步:计算过剩焓

脚本的编辑

本教程使用另外的一个Python脚本,本脚本下载后,需要解压,编辑脚本应该在专门的软件中编辑,不过为了简化,也可以使用记事本编辑,但编辑的时候需要特别小心,不能从外部复制文字往脚本内粘贴,这会造成字符格式差异。修改脚本只能依靠删除键,以及直接的英文输入。

脚本的使用

例如生产的各种coskf文件在D:\ADF_DATA\test\,则将脚本拷贝到该文件夹下,双击运行AMS2012*.*\ams_command_linew文件,打开命令行窗口,输入bash回车,输入cd D:/ADF_DATA/test回车,进入该文件夹(注意斜杠的方向是反的)。

编辑脚本中:

solute =  ["yqkz.coskf"]

这一行,这是溶质的coskf文件名字。

以及:

solv_list=[
#           ["kfy.coskf"],
           ["C4O4H4fms.coskf"],
           ["mls.coskf"],

注意:

  • 开头的#表示这一行是不执行的,#表示注释的意思。这个脚本可以每次输入两种溶剂。
  • 每一行前面的空格数目最好不要修改。
  • 编辑完毕,ctrl s保存后,即可运行Python脚本。

运行脚本:

在前面打开的命令行中,输入:

plams En.py回车

经过几秒钟就会输出结果:

图中红色框内即溶质在两种溶剂马来酸、富马酸中的过剩焓,右边是对应的柱状图。将所有溶剂的过剩能都列出来,会发现形成共晶的溶剂是过剩能最低(绝对值最大)的几种,因此这种方法用来筛选最可能形成共晶的溶剂。

adf/eh.1638511030.txt.gz · 最后更改: 2021/12/03 13:57 由 liu.jun

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