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adf:difussion [2023/11/29 09:19] – [通过均方位移求扩散系数(推荐)] liu.jun | adf:difussion [2024/01/09 15:59] (当前版本) – [ReaxFF-扩散系数:通过速度自相关函数或均方位移MSD,得到分析分子、原子的扩散系数] liu.jun | ||
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======ReaxFF-扩散系数:通过速度自相关函数或均方位移MSD,得到分析分子、原子的扩散系数====== | ======ReaxFF-扩散系数:通过速度自相关函数或均方位移MSD,得到分析分子、原子的扩散系数====== | ||
- | 本文虽然以ReaxFF分子动力学模拟结果为例,但实际上BAND、DFTB、MOPAC分子动力学结果,均可如此分析。分子动力学计算方面有如下需要注意的地方: | + | 本文虽然以ReaxFF分子动力学模拟结果为例,但实际上基于BAND(DFT)、DFTB、MOPAC、经典力场、机器学习势的分子动力学结果,均可如此分析。分子动力学计算方面有如下需要注意的地方: |
- 体系已经达到平衡,否则数据就存在平均的问题 | - 体系已经达到平衡,否则数据就存在平均的问题 | ||
- 使用自相关函数计算扩散系数,则Sample frequency要设置的非常小,例如5;如果使用MSD计算扩散系数,则采用频率可以大一些(但并非必需),例如50 | - 使用自相关函数计算扩散系数,则Sample frequency要设置的非常小,例如5;如果使用MSD计算扩散系数,则采用频率可以大一些(但并非必需),例如50 |