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本文虽然以ReaxFF分子动力学模拟结果为例,但实际上BAND、DFTB、MOPAC分子动力学结果,均可如此分析。
计算扩散系数有两种算法:
其中关于自相关函数的定义参考手册:
常规的分子动力学计算完毕之后,在Movie中即可分析指定分子、原子的自相关函数与扩散系数:
SCM - Movie - MD Properties - Autocorrelation Functions:
生成了ACF与扩散系数,这里扩散系数为4.085 × 10-8 m2/s
注意,扩散系数是一个严重受统计样本影响的量,所以建议多个样本求均值。
AMSMovie → MD Properties → MSD,弹出窗口中,通过设置帧数的起始值控制分析MD的时间范围 2. In Steps set 2000 - 22001 3. Set Atoms to Li 4. Set Max MSD Step to 5000 (corresponding 5000*1.25 fs = 6250 fs).