这是本文档旧的修订版!
ADF2016.102版增加了基于DFT的分子动力学模拟功能。ADF模块、BAND模块、DFTB模块等包含这个功能(目前正在不断完善中,有兴趣的用户可以尝试使用):
ADF模块的DFT分子动力学模拟和BAND很类似,可以参考本案例。
参数设置(基组、泛函等,参考parameters,DFT分子动力学模拟,比一般的结构优化计算设置的精度要低一个等级):
k空间设置为最低精度-basic。用户也可以点击后面的…符号,手工指定k点个数,例如2 2 2
Model > MD设置分子动力学参数,Number of steps是模拟的步数,步长一般0.25fs是比较合适的,所以这个例子里面模拟了250fs。Sample Frequency是指每100步保存一次原子运动轨迹。
Thermostat是指NVT系综,如果采用该系综,点击后面的…按钮,对NVT系综详细设置:
其中Berendsen是实现该系综比较常用的方法之一,NHC最近也用的逐渐多起来。Damping constant是指系综温度在成为用户指定值之前的震荡时间,在震荡时间内,温度往往高低变化非常剧烈,这是为了增大体系初始结构与原子运动速度的随机性,这个值一般不需要很大。
如果是恒温过程,用户在最下方填写温度即可,如果是需要调节温度,可以点击下方的➕,例如上面的例子,点击了2次➕,设定的过程含义如下:
开始的1000步,体系从300K均匀升温倒400K,然后2000步内从400K降温倒300K,剩余的时间都是恒温300K。
保存并运行任务,参考:正式版的安装、维护与升级
结果查看:
轨迹保存在*results/ams.rkf文件中。SCM > Movie可以打开动画,自动读取该文件。