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adf:dftmd-band

这是本文档旧的修订版!


如何进行基于DFT的周期性边界分子动力学模拟

ADF2016.102版增加了基于DFT的分子动力学模拟功能。ADF模块、BAND模块、DFTB模块等包含这个功能(目前正在不断完善中,有兴趣的用户可以尝试使用):

  • ADF模块的DFT分子动力学模拟没有周期性
  • BAND模块DFT分子动力学模拟有周期性,并且是数值基组+原子轨道基组,计算量跟基组和电子数有关,跟真空区域关系不大,增加真空,基本不增加计算量,本例数值精度设置为basic,1个k点,5*5*5立方埃,1000步在普通台式机上大约几个小时完成
  • DFTB模块的分子动力学较早版本就有,但DFTB方法本身分子动力学模拟,具有一定局限性(具体可与ams@fermitech.com.cn讨论)

ADF模块的DFT分子动力学模拟和BAND很类似,可以参考本案例。

参数设置(基组、泛函等,参考parameters,DFT分子动力学模拟,比一般的结构优化计算设置的精度要低一个等级):

dftmd01.jpg

k空间设置为最低精度-basic。用户也可以点击后面的…符号,手工指定k点个数,例如2 2 2

dftmd02.jpg

Model > MD设置分子动力学参数,Number of steps是模拟的步数,步长一般0.25fs是比较合适的,所以这个例子里面模拟了250fs。Sample Frequency是指每100步保存一次原子运动轨迹。

dftmd03.jpg

Thermostat是指NVT系综,如果采用该系综,点击后面的…按钮,对NVT系综详细设置:

dftmd04.jpg

其中Berendsen是实现该系综比较常用的方法之一,NHC最近也用的逐渐多起来。Damping constant是指系综温度在成为用户指定值之前的震荡时间,在震荡时间内,温度往往高低变化非常剧烈,这是为了增大体系初始结构与原子运动速度的随机性,这个值一般不需要很大。

如果是恒温过程,用户在最下方填写温度即可,如果是需要调节温度,可以点击下方的➕,例如上面的例子,点击了2次➕,设定的过程含义如下:

开始的1000步,体系从300K均匀升温倒400K,然后2000步内从400K降温倒300K,剩余的时间都是恒温300K。

保存并运行任务,参考:正式版的安装、维护与升级

结果查看:

轨迹保存在*results/ams.rkf文件中。SCM > Movie可以打开动画,自动读取该文件。

adf/dftmd-band.1559119218.txt.gz · 最后更改: 2019/05/29 16:40 由 liu.jun

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