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--- adf:dftmd-band [2016/05/26 14:28] – liu.jun
+++ adf:dftmd-band [2020/12/19 19:43] (当前版本) – liu.jun
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-======如何进行基于DFT的周期性边界分子动力学模拟======
+======DFT分子动力学：教程======
 ADF2016.102版增加了基于DFT的分子动力学模拟功能。ADF模块、BAND模块、DFTB模块等包含这个功能（目前正在不断完善中，有兴趣的用户可以尝试使用）：
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   * ADF模块的DFT分子动力学模拟没有周期性
   * BAND模块DFT分子动力学模拟有周期性，并且是数值基组＋原子轨道基组，计算量跟基组和电子数有关，跟真空区域关系不大，增加真空，基本不增加计算量，本例数值精度设置为basic，1个k点，5*5*5立方埃，1000步在普通台式机上大约几个小时完成
-  * DFTB模块的分子动力学较早版本就有，但DFTB方法本身分子动力学模拟，具有一定局限性（具体可与support@fermitech.com.cn讨论）
+  * DFTB模块的分子动力学较早版本就有，但DFTB方法本身分子动力学模拟，具有一定局限性（具体可与ams@fermitech.com.cn讨论）
 ADF模块的DFT分子动力学模拟和BAND很类似，可以参考本案例。
-参数设置（基组、泛函等，参考[[adf:parameters]]，DFT分子动力学模拟，比一般的结构优化计算设置的精度要低一个等级）：
+参数设置（基组、泛函等，参考[[singlepoint_band]]，DFT分子动力学模拟，比一般的结构优化计算设置的精度要低一个等级）：
-{{:adf:dftmd01.png|}}
+{{ :adf:dftmd01.png?650 }}
-{{:adf:dftmd02.png|}}
+k空间设置为最低精度-basic。用户也可以点击后面的...符号，手工指定k点个数，例如2 2 2
-{{:adf:dftmd03.png|}}
+{{ :adf:dftmd02.png?650 }}
-{{:adf:dftmd04.png|}}
+MD模拟，一般容易出现远离平衡结构的一些构型，从而导致SCF难以收敛，因此需要降低收敛条件：
-保存并运行任务，参考：[[adf:parallel|]]
+{{ :adf:dftmd99.png?350 }}
-结果查看：
+这里设置了电子温度为0.2eV，因此电子能级出现偶然简并的情况，也能够正确收敛。注意电子温度与实际温度，在定义上导致了二者没有直接关系。Criterion是SCF收敛标准，虽然这个值会自动根据Numerical Quality以及体系的大小自动调整，但我们还是可以人为的增大这个值，降低收敛的标准，例如0.00005，体系越大，这个值也可以设置的越大。这两个值设置的越大，SCF收敛越快，MD也就越快，也会降低精度。
-动画保存为＊.sdf文件。ADF2016.102以后的版本可以打开（参考：[[adf:结果文件查看|]]）：
+Model > MD设置分子动力学参数，Number of steps是模拟的步数，步长一般0.25fs是比较合适的，所以这个例子里面模拟了2.5ps。Sample Frequency：10是指每10步保存一次原子运动轨迹。
+{{ :adf:dftmd03.png?650 }}
+点击Thermostat后面的>按钮，设置NVT系综（如果同时设置Barostat，则为NPT系综），Initial Temperature如果不设置，则使用第一个系综的温度。
+===NVT系综的设置===
+{{ :adf:bandmdmethod.png?400 }}
+只需要设置系综实现的方案Thermostat、Temperature、Damping constant。其中Damping constant表示震荡时间（在达到指定温度前，温度随机震荡），一般默认设置100fs，也可以降低为5fs，对结果影响不大。
+**恒温：**温度如果只设置了一个，则不需要设置Duration(s)，整个模拟过程都是该温度
+**包含保温过程：**总之，Duration(s)的数字个数比温度的数字个数少1个。如上图所示的设置，表示：起始温度298K，经历3000步升温到1300K，然后保温3000步，然后经历3000步升温到4300K，然后保温20000步，然后经历3000步降温到298K，298K直到结束。
+===NPT系综的设置===
+在Thermostat设置的基础上增加Barostat的设置，压强的设置方式类似温度。
+保存run文件并直接运行任务，参考：[[adf:maintance|]]
+结果查看：
-[[http://pan.baidu.com/s/1geBwrIj|动画视频]]
+轨迹保存在*results/ams.rkf文件中。SCM > Movie可以打开动画，自动读取该文件。

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