adf:dftmd-adf
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| adf:dftmd-adf [2019/06/16 20:08] – liu.jun | adf:dftmd-adf [2020/11/24 12:57] (当前版本) – 移除 liu.jun | ||
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| - | ======如何进行无周期性约束的DFT分子动力学模拟====== | ||
| - | 此处以简单案例进行说明： | ||
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| - | 说明： | ||
| - | * 昨天的体系是没有周期性边界的，周围是无限大真空 | ||
| - | * 任务类型Task选择为Molecular Dynamics，点击后面的> | ||
| - | * 泛函选择计算量较小、精度较高的泛函，因此可以选择GGA，这里选择了GGA：BP86 | ||
| - | * 基组可以选择DZ基组，对分子动力学而言已经可以了，这里选择了精度更高的DZP基组 | ||
| - | * 其他参数默认即可 | ||
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| - | 说明： | ||
| - | * Number of Steps，设定分子动力学的步数，乘以步长time step，得到总的模拟时长 | ||
| - | * Sample Frequency，设定轨迹文件的采样频率，这里设置为5，表示每5步，记录一次轨迹，这是为了快速看到动画，所以设置的很小，真正的实际模拟，设置为50就可以了 | ||
| - | * 如果系综是NVT系综，则点击Thermostat后面的> | ||
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| - | 说明： | ||
| - | * 这里有两种NVT系综算法，一种是Berendsen，一种是NHC，这里选用了前者 | ||
| - | * Damping constant是为了增加体系的随机性，分子动力学开始的一段时间内，温度剧烈震荡，这个可以设置为5~50fs均可 | ||
| - | * 最下方是设置温度，如果过程中温度需要变化，则点击前面的➕进行详细设置即可 | ||
adf/dftmd-adf.1560686938.txt.gz · 最后更改: 2019/06/16 20:08 由 liu.jun