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adf:dftmd-adf

如何进行无周期性约束的DFT分子动力学模拟

此处以简单案例进行说明:

说明:

  • 使用的是ADF via AMS模块
  • 这里的体系是没有周期性边界的,周围是无限大真空
  • 任务类型Task选择为Molecular Dynamics,点击后面的>符号,可以对Molecular Dynamics的详细参数进行设置,其他>类似
  • 泛函选择计算量较小、精度较高的泛函,因此可以选择GGA,这里选择了GGA:BP86
  • 基组可以选择DZ基组,对分子动力学而言已经可以了,这里选择了精度更高的DZP基组
  • 其他参数默认即可

说明:

  • Number of Steps,设定分子动力学的步数,乘以步长time step,得到总的模拟时长
  • Sample Frequency,设定轨迹文件的采样频率,这里设置为5,表示每5步,记录一次轨迹,这是为了快速看到动画,所以设置的很小,真正的实际模拟,设置为50就可以了
  • 如果系综是NVT系综,则点击Thermostat后面的>符号,进行详细设置(例如本例中);如果是NPT系综则点击Barostat后面的>符号,进行详细设置。NPT系综,对DFT-MD一般不太常用,因为原子个数太少,对压强的控制很难实现

NVT系综的设置

只需要设置系综实现的方案Thermostat、Temperature(与前面的温度一致)、Damping constant。其中Damping constant表示震荡时间(在达到指定温度前,温度随机震荡),一般默认设置100fs,也可以降低为10fs,对结果影响不大。

NPT系综的设置

设置与NVT类似。

adf/dftmd-adf.txt · 最后更改: 2019/12/13 19:33 由 liu.jun

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