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adf:creatsubstitutes

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adf:creatsubstitutes [2018/02/27 22:56] – liu.junadf:creatsubstitutes [2020/11/27 19:43] (当前版本) – [取代基效应研究（批量建模）] liu.jun
行 1: 行 1:
 ======取代基效应研究（批量建模）====== ======取代基效应研究（批量建模）======
 +本文基于AMS2020.101以上版本。
 =====准备取代基===== =====准备取代基=====
 用户可以创建自己常用的取代基到图形界面中，便于平时使用，创建方法参考：[[adf:creatsubstitueintoGUI]] 用户可以创建自己常用的取代基到图形界面中，便于平时使用，创建方法参考：[[adf:creatsubstitueintoGUI]]
行 12: 行 13:
 第一步：导出苯分子的结构（ADFinput > Export Coordinates，保存为*.xyz文件，例如这里命名为Benzene.xyz）到当前工作目录 第一步：导出苯分子的结构（ADFinput > Export Coordinates，保存为*.xyz文件，例如这里命名为Benzene.xyz）到当前工作目录
  
-第二步：使用如下脚本：+第二步：在该文件夹内运行脚本文件：
 <code bash> <code bash>
 #! /bin/sh #! /bin/sh
 # #
- + 
 for ligand in CN CO CO3 NC NH2 NH2CH3 NH3 OC OCH3 OH PH3 Pyridine; do for ligand in CN CO CO3 NC NH2 NH2CH3 NH3 OC OCH3 OH PH3 Pyridine; do
- +  
-   "$ADFBIN/adfprep" -t UFF-GO -m Benzene.xyz -structure "12 Ligands/$ligand.adf" > "benzene_$ligand.run" +   "$AMSBIN/amsprep" -t UFF-GO -m Benzene.xyz -structure "12 Ligands/$ligand.ams" > "benzene_$ligand.run" 
 + 
     sh "./benzene_$ligand.run"     sh "./benzene_$ligand.run"
- +  
-   "$ADFBIN/adfreport" uff.rkf SDF > "benzene_$ligand.mol" +   "$AMSBIN/amsreport" uff.rkf SDF > "benzene_$ligand.mol" 
 + 
    mv uff.rkf "benzene_$ligand.rkf"    mv uff.rkf "benzene_$ligand.rkf"
 done done
 </code> </code>
 +完成。
 +
  
-说明如下：+====脚本的解释====
  
 for ligand in CN CO CO3 NC NH2 NH2CH3 NH3 OC OCH3 OH PH3 Pyridine; do  这一行，用户可以根据自己的需要，修改ligand这个词，ligand是一个变量，用户可以随便改为其他名字，但不能包含中文、空格，在这里，ligand代表的是一系列自由基的名字，也就是：CN CO CO3 NC NH2 NH2CH3 NH3 OC OCH3 OH PH3 Pyridine，这些名字用一个（或者多个）空格隔开，以分号结尾。for开头、do结尾表示做循环，用户照抄即可。 for ligand in CN CO CO3 NC NH2 NH2CH3 NH3 OC OCH3 OH PH3 Pyridine; do  这一行，用户可以根据自己的需要，修改ligand这个词，ligand是一个变量，用户可以随便改为其他名字，但不能包含中文、空格，在这里，ligand代表的是一系列自由基的名字，也就是：CN CO CO3 NC NH2 NH2CH3 NH3 OC OCH3 OH PH3 Pyridine，这些名字用一个（或者多个）空格隔开，以分号结尾。for开头、do结尾表示做循环，用户照抄即可。
行 36: 行 38:
 下面几行是循环的内容，也就是<color gren>将$ligand替换成自由基的名字</color>，一个一个运行下面的内容。 下面几行是循环的内容，也就是<color gren>将$ligand替换成自由基的名字</color>，一个一个运行下面的内容。
  
-<code bash>"$ADFBIN/adfprep" -t UFF-GO -m Benzene.xyz -structure "12 Ligands/$ligand.adf" > "benzene_$ligand.run" </code>这一行中:+<code bash>"$AMSBIN/amsprep" -t UFF-GO -m Benzene.xyz -structure "12 Ligands/$ligand.adf" > "benzene_$ligand.run" </code>这一行中:
   * -t UFF-GO表示使用UFF力场优化结构，字母t是task的意思，GO是geometry optimization的意思；   * -t UFF-GO表示使用UFF力场优化结构，字母t是task的意思，GO是geometry optimization的意思；
   * -m Benzene.xyz字母m是molecule的意思，后面接的是我们一开始创建好的苯分子的xyz文件；   * -m Benzene.xyz字母m是molecule的意思，后面接的是我们一开始创建好的苯分子的xyz文件；
行 44: 行 46:
 <code bash>sh "./benzene_$ligand.run"</code>表示运行该*.run文件 <code bash>sh "./benzene_$ligand.run"</code>表示运行该*.run文件
  
-<code bash>"$ADFBIN/adfreport" uff.rkf SDF > "benzene_$ligand.mol"</code>表示将生成的结构导出为*.mol文件+<code bash>"$AMSBIN/adfreport" uff.rkf SDF > "benzene_$ligand.mol"</code>表示将生成的结构导出为*.mol文件
  
 <code bash>mv uff.rkf "benzene_$ligand.rkf"</code>将生成的rkf文件根据自由基的名字重新命名 <code bash>mv uff.rkf "benzene_$ligand.rkf"</code>将生成的rkf文件根据自由基的名字重新命名
  
 最后以done结尾和开头的for呼应，for和done之间的几行，表示循环执行的内容，遍历所有自由基后，循环结束。 最后以done结尾和开头的for呼应，for和done之间的几行，表示循环执行的内容，遍历所有自由基后，循环结束。
adf/creatsubstitutes.1519743362.txt.gz · 最后更改: 2018/02/27 22:56 由 liu.jun

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