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adf:creatsubstitutes

取代基效应研究(批量建模)

本文基于AMS2020.101以上版本。

准备取代基

用户可以创建自己常用的取代基到图形界面中,便于平时使用,创建方法参考:用户如何创建个性化的取代基到取代基库中

假定用户使用上面介绍的方法,创建了N个自由基,或者直接使用现成的ligands(点击苯环形状的“结构”按钮 > Ligands)中的CN CO CO3 NC NH2 NH2CH3 NH3 OC OCH3 OH PH3 Pyridine,来研究取代基效应,方式是类似的。

使用循环批量建模并优化结构

进入工作目录,创建结构,例如苯,其中第12号原子是H。我们尝试将12号H原子替换成上述自由基,并使用UFF力场优化,生成新的一系列结构,步骤如下:

第一步:导出苯分子的结构(ADFinput > Export Coordinates,保存为*.xyz文件,例如这里命名为Benzene.xyz)到当前工作目录

第二步:在该文件夹内运行脚本文件:

#! /bin/sh
#
 
for ligand in CN CO CO3 NC NH2 NH2CH3 NH3 OC OCH3 OH PH3 Pyridine; do
 
   "$AMSBIN/amsprep" -t UFF-GO -m Benzene.xyz -structure "12 Ligands/$ligand.ams" > "benzene_$ligand.run"
 
    sh "./benzene_$ligand.run"
 
   "$AMSBIN/amsreport" uff.rkf SDF > "benzene_$ligand.mol"
 
   mv uff.rkf "benzene_$ligand.rkf"
done

完成。

脚本的解释

for ligand in CN CO CO3 NC NH2 NH2CH3 NH3 OC OCH3 OH PH3 Pyridine; do 这一行,用户可以根据自己的需要,修改ligand这个词,ligand是一个变量,用户可以随便改为其他名字,但不能包含中文、空格,在这里,ligand代表的是一系列自由基的名字,也就是:CN CO CO3 NC NH2 NH2CH3 NH3 OC OCH3 OH PH3 Pyridine,这些名字用一个(或者多个)空格隔开,以分号结尾。for开头、do结尾表示做循环,用户照抄即可。

下面几行是循环的内容,也就是将$ligand替换成自由基的名字,一个一个运行下面的内容。

"$AMSBIN/amsprep" -t UFF-GO -m Benzene.xyz -structure "12 Ligands/$ligand.adf" > "benzene_$ligand.run" 

这一行中:

  • -t UFF-GO表示使用UFF力场优化结构,字母t是task的意思,GO是geometry optimization的意思;
  • -m Benzene.xyz字母m是molecule的意思,后面接的是我们一开始创建好的苯分子的xyz文件;
  • “12 Ligands/$ligand.adf”其中12是我们希望替换的原子的编号,也就是12号原子——H,依次替换成Ligands里面的CN CO CO3 NC NH2 NH2CH3 NH3 OC OCH3 OH PH3 Pyridine用户如果自建自由基,这里Ligands/换成自由基的完整路径即可
  • > “benzene_$ligand.run” 其中“大于号”表示替换后生成名为*.run的文件
sh "./benzene_$ligand.run"

表示运行该*.run文件

"$AMSBIN/adfreport" uff.rkf SDF > "benzene_$ligand.mol"

表示将生成的结构导出为*.mol文件

mv uff.rkf "benzene_$ligand.rkf"

将生成的rkf文件根据自由基的名字重新命名

最后以done结尾和开头的for呼应,for和done之间的几行,表示循环执行的内容,遍历所有自由基后,循环结束。

adf/creatsubstitutes.txt · 最后更改: 2020/11/27 19:43 由 liu.jun

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