adf:creatsubstitutes
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| adf:creatsubstitutes [2018/02/23 22:09] – liu.jun | adf:creatsubstitutes [2020/11/27 19:43] (当前版本) – [取代基效应研究（批量建模）] liu.jun | ||
|---|---|---|---|
| 行 1: | 行 1: | ||
| ======取代基效应研究（批量建模）====== | ======取代基效应研究（批量建模）====== | ||
| - | 参考英文教程：[[https:// | + | 本文基于AMS2020.101以上版本。 |
| + | =====准备取代基===== | ||
| 用户可以创建自己常用的取代基到图形界面中，便于平时使用，创建方法参考：[[adf: | 用户可以创建自己常用的取代基到图形界面中，便于平时使用，创建方法参考：[[adf: | ||
| - | 假定用户使用上面介绍的方法，创建了N个自由基，或者直接使用现成的ligands（点击苯环形状的“结构”按钮 > Ligands）中的CN CO CO3 NC NH2 NH2CH3 NH3 OC OCH3 OH PH3 Pyridine，方式类似。 | + | 假定用户使用上面介绍的方法，创建了N个自由基，或者直接使用现成的ligands（点击苯环形状的“结构”按钮 > Ligands）中的CN CO CO3 NC NH2 NH2CH3 NH3 OC OCH3 OH PH3 Pyridine，来研究取代基效应，方式是类似的。 |
| + | {{ : | ||
| + | |||
| + | =====使用循环批量建模并优化结构===== | ||
| 进入工作目录，创建结构，例如苯，其中第12号原子是H。我们尝试将12号H原子替换成上述自由基，并使用UFF力场优化，生成新的一系列结构，步骤如下： | 进入工作目录，创建结构，例如苯，其中第12号原子是H。我们尝试将12号H原子替换成上述自由基，并使用UFF力场优化，生成新的一系列结构，步骤如下： | ||
| 第一步：导出苯分子的结构（ADFinput > Export Coordinates，保存为*.xyz文件，例如这里命名为Benzene.xyz）到当前工作目录 | 第一步：导出苯分子的结构（ADFinput > Export Coordinates，保存为*.xyz文件，例如这里命名为Benzene.xyz）到当前工作目录 | ||
| - | 第二步：使用如下脚本： | + | 第二步：在该文件夹内运行脚本文件： |
| <code bash> | <code bash> | ||
| #! /bin/sh | #! /bin/sh | ||
| # | # | ||
| - | + | ||
| for ligand in CN CO CO3 NC NH2 NH2CH3 NH3 OC OCH3 OH PH3 Pyridine; do | for ligand in CN CO CO3 NC NH2 NH2CH3 NH3 OC OCH3 OH PH3 Pyridine; do | ||
| - | + | ||
| - | " | + | " |
| - | + | ||
| - | | + | sh " |
| - | + | ||
| - | " | + | " |
| + | |||
| mv uff.rkf " | mv uff.rkf " | ||
| done | done | ||
| </ | </ | ||
| + | 完成。 | ||
| - | 说明如下： | ||
| - | for ligand in CN CO CO3 NC NH2 NH2CH3 NH3 OC OCH3 OH PH3 Pyridine; do 这一行，用户可以根据自己的需要，修改ligand这个词，ligand是一个变量，用户可以随便改为其他名字，但不能包含中文、空格，在这里，ligand代表的是一系列自由基的名字，也就是：CN CO CO3 NC NH2 NH2CH3 NH3 OC OCH3 OH PH3 Pyridine，这些名字用一个（或者多个）空格隔开，以分号结尾，之后for开头、do结尾表示做循环，用户照抄即可。 | + | ====脚本的解释==== |
| - | 下面是循环的内容，也就是<color gren> | + | for ligand in CN CO CO3 NC NH2 NH2CH3 NH3 OC OCH3 OH PH3 Pyridine; do 这一行，用户可以根据自己的需要，修改ligand这个词，ligand是一个变量，用户可以随便改为其他名字，但不能包含中文、空格，在这里，ligand代表的是一系列自由基的名字，也就是：CN CO CO3 NC NH2 NH2CH3 NH3 OC OCH3 OH PH3 Pyridine，这些名字用一个（或者多个）空格隔开，以分号结尾。for开头、do结尾表示做循环，用户照抄即可。 |
| - | <code bash>" | + | 下面几行是循环的内容，也就是< |
| + | |||
| + | <code bash>" | ||
| * -t UFF-GO表示使用UFF力场优化结构，字母t是task的意思，GO是geometry optimization的意思； | * -t UFF-GO表示使用UFF力场优化结构，字母t是task的意思，GO是geometry optimization的意思； | ||
| * -m Benzene.xyz字母m是molecule的意思，后面接的是我们一开始创建好的苯分子的xyz文件； | * -m Benzene.xyz字母m是molecule的意思，后面接的是我们一开始创建好的苯分子的xyz文件； | ||
| * "12 Ligands/ | * "12 Ligands/ | ||
| - | * > " | + | * > " |
| + | |||
| + | <code bash>sh " | ||
| - | sh "./ | + | <code bash>"$AMSBIN/adfreport" |
| - | " | + | <code bash> |
| - | mv uff.rkf " | + | 最后以done结尾和开头的for呼应，for和done之间的几行，表示循环执行的内容，遍历所有自由基后，循环结束。 |
adf/creatsubstitutes.1519394951.txt.gz · 最后更改: 2018/02/23 22:09 由 liu.jun