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--- adf:creatsubstitutes [2018/02/23 19:54] – liu.jun
+++ adf:creatsubstitutes [2020/11/27 19:43] (当前版本) – [取代基效应研究（批量建模）] liu.jun
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 ======取代基效应研究（批量建模）======
-参考英文教程：[[https://www.scm.com/doc/Scripting/Commandline_Tools/ADFprepTutorial.html#tutorial-generate-structures-for-substituent-effects-screening|Tutorial: Generate structures for substituent effects screening]]
+本文基于AMS2020.101以上版本。
+=====准备取代基=====
+用户可以创建自己常用的取代基到图形界面中，便于平时使用，创建方法参考：[[adf:creatsubstitueintoGUI]]
+假定用户使用上面介绍的方法，创建了N个自由基，或者直接使用现成的ligands（点击苯环形状的“结构”按钮 > Ligands）中的CN CO CO3 NC NH2 NH2CH3 NH3 OC OCH3 OH PH3 Pyridine，来研究取代基效应，方式是类似的。
+{{ :adf:adfprep_title_picture.png?650 }}
+=====使用循环批量建模并优化结构=====
+进入工作目录，创建结构，例如苯，其中第12号原子是H。我们尝试将12号H原子替换成上述自由基，并使用UFF力场优化，生成新的一系列结构，步骤如下：
+第一步：导出苯分子的结构（ADFinput > Export Coordinates，保存为*.xyz文件，例如这里命名为Benzene.xyz）到当前工作目录
+第二步：在该文件夹内运行脚本文件：
+<code bash>
+#! /bin/sh
+#
+for ligand in CN CO CO3 NC NH2 NH2CH3 NH3 OC OCH3 OH PH3 Pyridine; do
+   "$AMSBIN/amsprep" -t UFF-GO -m Benzene.xyz -structure "12 Ligands/$ligand.ams" > "benzene_$ligand.run"
+    sh "./benzene_$ligand.run"
+   "$AMSBIN/amsreport" uff.rkf SDF > "benzene_$ligand.mol"
+   mv uff.rkf "benzene_$ligand.rkf"
+done
+</code>
+完成。
+====脚本的解释====
+for ligand in CN CO CO3 NC NH2 NH2CH3 NH3 OC OCH3 OH PH3 Pyridine; do  这一行，用户可以根据自己的需要，修改ligand这个词，ligand是一个变量，用户可以随便改为其他名字，但不能包含中文、空格，在这里，ligand代表的是一系列自由基的名字，也就是：CN CO CO3 NC NH2 NH2CH3 NH3 OC OCH3 OH PH3 Pyridine，这些名字用一个（或者多个）空格隔开，以分号结尾。for开头、do结尾表示做循环，用户照抄即可。
+下面几行是循环的内容，也就是<color gren>将$ligand替换成自由基的名字</color>，一个一个运行下面的内容。
+<code bash>"$AMSBIN/amsprep" -t UFF-GO -m Benzene.xyz -structure "12 Ligands/$ligand.adf" > "benzene_$ligand.run" </code>这一行中:
+  * -t UFF-GO表示使用UFF力场优化结构，字母t是task的意思，GO是geometry optimization的意思；
+  * -m Benzene.xyz字母m是molecule的意思，后面接的是我们一开始创建好的苯分子的xyz文件；
+  * "12 Ligands/$ligand.adf"其中12是我们希望替换的原子的编号，也就是12号原子——H，<color gren>依次替换成Ligands里面的CN CO CO3 NC NH2 NH2CH3 NH3 OC OCH3 OH PH3 Pyridine</color>，<color gren>用户如果自建自由基，这里Ligands/换成自由基的完整路径即可</color>；
+  * > "benzene_$ligand.run" 其中“大于号”表示替换后生成名为*.run的文件
+<code bash>sh "./benzene_$ligand.run"</code>表示运行该*.run文件
+<code bash>"$AMSBIN/adfreport" uff.rkf SDF > "benzene_$ligand.mol"</code>表示将生成的结构导出为*.mol文件
+<code bash>mv uff.rkf "benzene_$ligand.rkf"</code>将生成的rkf文件根据自由基的名字重新命名
+最后以done结尾和开头的for呼应，for和done之间的几行，表示循环执行的内容，遍历所有自由基后，循环结束。

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