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adf:coskf2020

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adf:coskf2020 [2023/05/13 12:56] – [有的情况,需要补充数据] liu.junadf:coskf2020 [2024/03/01 12:21] (当前版本) – [1,如果分子中没有金属:] liu.jun
行 5: 行 5:
 SCM LOGO > COSMO-RS进入流体热力学模块,默认情况下,会提示到官网下载分子库文件。该分子库包含1872种分子的*.coskf文件。如果我们要计算的(溶质、溶剂)分子,这个库里面没有,那么就需要我们自己通过ADF模块准备。过程非常简单: SCM LOGO > COSMO-RS进入流体热力学模块,默认情况下,会提示到官网下载分子库文件。该分子库包含1872种分子的*.coskf文件。如果我们要计算的(溶质、溶剂)分子,这个库里面没有,那么就需要我们自己通过ADF模块准备。过程非常简单:
  
-=====创建分子=====+=====一、创建分子=====
 建模的操作,参考:[[adf:buildmodel|AMS软件建模教程]] 建模的操作,参考:[[adf:buildmodel|AMS软件建模教程]]
-=====设置参数=====+=====二、粗略优化===== 
 +====1,如果分子中没有金属:====
  
 +点击窗口底部 ⚙ 按钮,分子将被使用UFF力场快速地优化得到较为合理的结构,一般较小的分子几秒钟就优化完了,大分子则慢一些。然后用Mopac方法,进一步精确优化:右键点击 ⚙ 按钮,选择Mopac,然后就会继续优化,一般小分子一分钟以内就优化好了,大一些的会慢一些,建议多优化几次。
 +
 +====2,如果分子中包含金属原子:====
 +
 +这种情况不能用UFF力场优化,所以直接右键点击 ⚙ → Mopac优化即可。原子数比较多的话,建议多优化几次。
 +=====三、生成 *.coskf 参数=====
 +这个过程实际上包含了2个步骤,软件自动连续完成了:
 +  - 精确地采用DFT优化(所以前面用UFF、Mopac优化得到很好的结构,能够大大减小这一步的时间)
 +  - 使用DFT生成*.coskf
 <color blue>AMSinput > Main > Task > COSMO-RS Compound,则所有相关的参数都自动选好了。</color>唯独需要调整的是: <color blue>AMSinput > Main > Task > COSMO-RS Compound,则所有相关的参数都自动选好了。</color>唯独需要调整的是:
   * Total Charge:分子是否带电。例如H3O<sup>+</sup>带电为1、OH<sup>-</sup>带电为-1   * Total Charge:分子是否带电。例如H3O<sup>+</sup>带电为1、OH<sup>-</sup>带电为-1
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 {{ :adf:2020coskf01.png?650 }} {{ :adf:2020coskf01.png?650 }}
 +
 +**注意其他参数不允许修改!这些参数与COSMO-RS模块中的参数是对应的,修改这些参数将导致与COSMO-RS、COSMO-SAC的参数匹配度降低,从而结果质量下降!**
  
 File > Save as保存任务,之后提交任务。软件的并行计算,参考[[adf:maintance|]] File > Save as保存任务,之后提交任务。软件的并行计算,参考[[adf:maintance|]]
-=====得到文件=====+=====四、得到文件=====
 计算完毕之后,任务所在文件夹里面,就有了*.coskf文件供COSMO-RS模块使用。 计算完毕之后,任务所在文件夹里面,就有了*.coskf文件供COSMO-RS模块使用。
 {{ :adf:2020coskf02.png?650 }} {{ :adf:2020coskf02.png?650 }}
-=====使用该*.coskf文件=====+=====五、使用该*.coskf文件=====
 SCM LOGO > COSMO-RS打开COSMO-RS模块。在COSMO-RS窗口点击Compounds > Add Compound(s) 添加前面生成的*.coskf文件(注意更改“文件选择窗口”右下角,文件类型为coskf,不然可能找不到。 SCM LOGO > COSMO-RS打开COSMO-RS模块。在COSMO-RS窗口点击Compounds > Add Compound(s) 添加前面生成的*.coskf文件(注意更改“文件选择窗口”右下角,文件类型为coskf,不然可能找不到。
  
-=====有的情况,需要补充数据===== +=====六、有的情况,需要补充数据===== 
-添加完毕之后,窗口会列出所有导入的分子,对某些性质计算(具体可以参考相应的教程),用户需要为这些分子添加更精细的实验参数: +添加完毕之后,窗口会列出所有导入的分子,对某些性质计算(具体可以参考相应的教程),用户需要在下方Input Data中,为这些分子添加更精细的实验参数: 
-  - 选中某个分子,右边会列出该分子性质,下方Input Data中,例如Nring(芳香环原子个数)等; +  - 对固体的溶解度来说,熔点、熔化焓(Melting point,Δ_fusion H)的数值非常重要; 
-  - 对溶解度(尤其是固溶体系)来说,熔点(Melting point,Δ_fusion H, Δ_fusion Cp)的数值非常重要; +  - 计算蒸汽压、气液相平衡、共沸等性质时,蒸汽压方程数据非常重要; 
-  - 在没有实验数据的情况下,使用“Generate”按钮,程序会估计出一个数值来(在没有实验数据的情况下,强烈推荐该按钮); +  - 对于1、2两点,在没有实验数据的情况下,使用“Generate”按钮,程序会估计出一个数值来(在没有实验数据的情况下,强烈推荐该按钮)
-  - 计算蒸汽压、气液相平衡、共沸等性质时,需要填写或猜测蒸汽压方程数据。 +
 之后,Ctrl s保存任务,然后就可以进行具体某项性质的计算了。具体计算方法,参考相应教程。 之后,Ctrl s保存任务,然后就可以进行具体某项性质的计算了。具体计算方法,参考相应教程。
adf/coskf2020.1683953803.txt.gz · 最后更改: 2023/05/13 12:56 由 liu.jun

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