adf:confomer
差别
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| 两侧同时换到之前的修订记录前一修订版后一修订版 | 前一修订版 | ||
| adf:confomer [2023/08/17 20:14] – [1.1 建模与参数设置] liu.jun | adf:confomer [2024/04/02 10:42] (当前版本) – [工作逻辑] liu.jun | ||
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| 行 5: | 行 5: | ||
| * DFTB 或 Mopac，计算能量误差较小，能量大小顺序基本上正确。速度略慢。 | * DFTB 或 Mopac，计算能量误差较小，能量大小顺序基本上正确。速度略慢。 | ||
| * ADF 计算能量很准确，但是速度很慢。因此考虑到效率和可靠性的综合，力场适合大范围粗筛，ADF 适合最后精准筛选。如果一开始就用 ADF 精筛，速度将会慢到无法接受。 | * ADF 计算能量很准确，但是速度很慢。因此考虑到效率和可靠性的综合，力场适合大范围粗筛，ADF 适合最后精准筛选。如果一开始就用 ADF 精筛，速度将会慢到无法接受。 | ||
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| + | 注意，以上流程将使用ADF、DFTB、ML Pot模块。 | ||
| ====工作流程概述==== | ====工作流程概述==== | ||
| 行 24: | 行 26: | ||
| 参数设置如上图所示（切换到Conformer模块，均使用默认参数即可）。其中Max Energy指能量最低的一个范围的构型，其中能量是由指定的计算引擎优化结构后得到，例如这里指定ForceField（默认使用UFF力场）。超过最低能量 4 kcal/mol 的结构将被滤除。因为UFF力场一般倾向于低估不同构型的能量差值，因此调用UFF时，Max energy不建议设置太大，**分子如果比较小，设置为 3kcal/mol 更高效**。 | 参数设置如上图所示（切换到Conformer模块，均使用默认参数即可）。其中Max Energy指能量最低的一个范围的构型，其中能量是由指定的计算引擎优化结构后得到，例如这里指定ForceField（默认使用UFF力场）。超过最低能量 4 kcal/mol 的结构将被滤除。因为UFF力场一般倾向于低估不同构型的能量差值，因此调用UFF时，Max energy不建议设置太大，**分子如果比较小，设置为 3kcal/mol 更高效**。 | ||
| - | 如果是大分子，则建议关闭GCStep以节省时间： | + | **如果是大分子**，则建议关闭GCStep以节省时间： |
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adf/confomer.1692274473.txt.gz · 最后更改: 2023/08/17 20:14 由 liu.jun