adf:confomer

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--- adf:confomer [2023/06/14 20:57] – [2.4 ADF 筛选结果查看] liu.jun
+++ adf:confomer [2024/04/02 10:42] (当前版本) – [工作逻辑] liu.jun
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   * DFTB 或 Mopac，计算能量误差较小，能量大小顺序基本上正确。速度略慢。
   * ADF 计算能量很准确，但是速度很慢。因此考虑到效率和可靠性的综合，力场适合大范围粗筛，ADF 适合最后精准筛选。如果一开始就用 ADF 精筛，速度将会慢到无法接受。
+注意，以上流程将使用ADF、DFTB、ML Pot模块。
 ====工作流程概述====
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 参数设置如上图所示（切换到Conformer模块，均使用默认参数即可）。其中Max Energy指能量最低的一个范围的构型，其中能量是由指定的计算引擎优化结构后得到，例如这里指定ForceField（默认使用UFF力场）。超过最低能量 4 kcal/mol 的结构将被滤除。因为UFF力场一般倾向于低估不同构型的能量差值，因此调用UFF时，Max energy不建议设置太大，**分子如果比较小，设置为 3kcal/mol 更高效**。
+**如果是大分子**，则建议关闭GCStep以节省时间：
+{{ :adf:微信图片_20230817201318.png?400 }}
 File - Save保存任务，并运行。
@@ 行 73: / 行 79: @@
 {{ :adf:conformer02.png?650 }}
-当然能量最低的是第一个结构。使用键盘的← →按键，可以查看各种异构体。这些搜索得到的结构，都已经使用UFF力场优化过了，对应的能量是用UFF力场计算得到的。双击纵坐标，可以修改能量单位。
+当然能量最低的是第一个结构。使用键盘的← →按键，可以查看各种异构体。这些搜索得到的结构，都已经使用UFF力场优化过了，对应的能量是用UFF力场计算得到的。默认能量单位为 Hatree，双击纵坐标，可以修改能量单位，例如改为 kcal/mol。
 =====第二步：逐步提高精度，依次使用Mopac、ADF继续筛选结构=====
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 </code>
 ====2.4 ADF 筛选结果查看====
-计算完毕，仍可如前一样通过SCM → Movie查看不同构型的能量，选择能量最低的构型（这些能量是由高精度方法 ADF 生成，能量的数值、大小顺序都极为可靠），然后菜单栏File → Export Coordinates将该构型保存为xyz文件，即用于其他场景，例如生成*.coskf文件。
+计算完毕，仍可如前一样通过SCM → Movie查看不同构型的能量，选择能量最低的构型（**这些能量是由高精度方法 ADF 生成，能量的数值、大小顺序都极为可靠**），然后菜单栏File → Export Coordinates将该构型保存为xyz文件，即用于其他场景，例如生成*.coskf文件。
 =====第三步：使用ADF计算多个异构体的热力学平均光谱（玻尔兹曼平均）=====
 这里是选择性的第三步。

adf/confomer.1686747443.txt.gz · 最后更改: 2023/06/14 20:57 由 liu.jun

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