adf:confomer
差别
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| 两侧同时换到之前的修订记录前一修订版后一修订版 | 前一修订版 | ||
| adf:confomer [2023/06/14 20:48] – liu.jun | adf:confomer [2024/04/02 10:42] (当前版本) – [工作逻辑] liu.jun | ||
|---|---|---|---|
| 行 3: | 行 3: | ||
| ====工作逻辑==== | ====工作逻辑==== | ||
| * 力场计算，不同构型的能量，误差很大。因此能量大小顺序可能也有误差。但是速度极快。 | * 力场计算，不同构型的能量，误差很大。因此能量大小顺序可能也有误差。但是速度极快。 | ||
| - | * DFTB 或M opac，计算能量误差较小，能量大小顺序基本上正确。速度略慢。 | + | * DFTB 或 Mopac，计算能量误差较小，能量大小顺序基本上正确。速度略慢。 |
| - | * ADF 计算能量很准确。但是速度很慢。因此考虑到效率和可靠性的综合，力场适合大范围粗筛，以此类推，ADF 适合最后精准筛选。如果一开始就用 ADF 精筛，速度太慢无法接受。 | + | * ADF 计算能量很准确，但是速度很慢。因此考虑到效率和可靠性的综合，力场适合大范围粗筛，ADF 适合最后精准筛选。如果一开始就用 ADF 精筛，速度将会慢到无法接受。 |
| + | |||
| + | 注意，以上流程将使用ADF、DFTB、ML Pot模块。 | ||
| ====工作流程概述==== | ====工作流程概述==== | ||
| 行 15: | 行 17: | ||
| =====第一步：创建初步分子结构===== | =====第一步：创建初步分子结构===== | ||
| - | ====建模与参数设置==== | + | ====1.1 建模与参数设置==== |
| 分子建模教程参考：[[adf: | 分子建模教程参考：[[adf: | ||
| 行 22: | 行 24: | ||
| {{ : | {{ : | ||
| - | 参数设置如上图所示（切换到Conformer模块，均使用默认参数即可）。其中Max Energy指能量最低的一个范围的构型，其中能量是由指定的计算引擎优化结构后得到，例如这里指定ForceField（默认使用UFF力场）。超过最低能量 4 kcal/mol 的结构将被滤除。因为UFF力场一般倾向于低估不同构型的能量差值，因此调用UFF时，Max energy不建议设置太大，分子如果比较小，设置为 3kcal/mol 更高效。 | + | 参数设置如上图所示（切换到Conformer模块，均使用默认参数即可）。其中Max Energy指能量最低的一个范围的构型，其中能量是由指定的计算引擎优化结构后得到，例如这里指定ForceField（默认使用UFF力场）。超过最低能量 4 kcal/mol 的结构将被滤除。因为UFF力场一般倾向于低估不同构型的能量差值，因此调用UFF时，Max energy不建议设置太大，**分子如果比较小，设置为 3kcal/mol 更高效**。 |
| + | |||
| + | **如果是大分子**，则建议关闭GCStep以节省时间： | ||
| + | |||
| + | {{ : | ||
| File - Save保存任务，并运行。 | File - Save保存任务，并运行。 | ||
| - | ====计算过程日志==== | + | ====1.2 计算过程日志==== |
| SCM → logfile： | SCM → logfile： | ||
| < | < | ||
| 行 68: | 行 74: | ||
| * 排除了2686个等价结构只剩下15个不等价结构（此处仍然有少量等价结构，可以通过后面的筛选过程进一步自动筛除） | * 排除了2686个等价结构只剩下15个不等价结构（此处仍然有少量等价结构，可以通过后面的筛选过程进一步自动筛除） | ||
| - | ====结果查看==== | + | ====1.3 结果查看==== |
| 任务结束后，SCM - Movie可以看到搜索结果，得到15个异构体（左边窗口是三维构型，右边窗口显示各种构型的能量）： | 任务结束后，SCM - Movie可以看到搜索结果，得到15个异构体（左边窗口是三维构型，右边窗口显示各种构型的能量）： | ||
| {{ : | {{ : | ||
| - | 当然能量最低的是第一个结构。使用键盘的← →按键，可以查看各种异构体。这些搜索得到的结构，都已经使用UFF力场优化过了。双击纵坐标，可以修改能量单位。 | + | 当然能量最低的是第一个结构。使用键盘的← →按键，可以查看各种异构体。这些搜索得到的结构，都已经使用UFF力场优化过了，对应的能量是用UFF力场计算得到的。默认能量单位为 Hatree，双击纵坐标，可以修改能量单位，例如改为 kcal/mol。 |
| - | =====第二步：提高精度，继续筛选结构===== | + | =====第二步：逐步提高精度，依次使用Mopac、ADF继续筛选结构===== |
| 我们可以仍然在Conformer中进行筛选，基于前面得到的15个结构，采用更高精度的计算引擎例如MOPAC进一步滤除高能量构型。 | 我们可以仍然在Conformer中进行筛选，基于前面得到的15个结构，采用更高精度的计算引擎例如MOPAC进一步滤除高能量构型。 | ||
| - | ====参数设置==== | + | ====2.1 Mopac 筛选的参数设置==== |
| {{ : | {{ : | ||
| 行 88: | 行 94: | ||
| * Max energy设置的较低1.5kcal/ | * Max energy设置的较低1.5kcal/ | ||
| - | ====结果查看==== | + | ====2.2 Mopac 筛选结果查看==== |
| SCM → Movie： | SCM → Movie： | ||
| {{ : | {{ : | ||
| - | 因为前面设置了“只输出范围在2.0kcal/ | + | 因为前面设置了“只输出范围在2.0kcal/ |
| - | 以此类推，可以进一步、逐步提高精度，缩小能量范围筛选。例如使用ADF模块（DZP基组、BP86泛函、相对论-None，Max energy为 1 kcal/mol） 进一步筛选。 | + | ====2.3 ADF 筛选的参数设置==== |
| + | |||
| + | ADF 模块（参数如下图所示，为 | ||
| {{ : | {{ : | ||
| 行 119: | 行 127: | ||
| [23.04|16: | [23.04|16: | ||
| </ | </ | ||
| - | + | ====2.4 ADF 筛选结果查看==== | |
| - | 计算完毕，仍可如前一样通过SCM → Movie查看不同构型的能量，选择能量最低的构型，然后菜单栏File → Export Coordinates将该构型保存为xyz文件，即用于其他场景，例如生成*.coskf文件。 | + | 计算完毕，仍可如前一样通过SCM → Movie查看不同构型的能量，选择能量最低的构型（**这些能量是由高精度方法 ADF 生成，能量的数值、大小顺序都极为可靠**），然后菜单栏File → Export Coordinates将该构型保存为xyz文件，即用于其他场景，例如生成*.coskf文件。 |
| =====第三步：使用ADF计算多个异构体的热力学平均光谱（玻尔兹曼平均）===== | =====第三步：使用ADF计算多个异构体的热力学平均光谱（玻尔兹曼平均）===== | ||
| 这里是选择性的第三步。 | 这里是选择性的第三步。 | ||
| - | ====结构导入与参数设置==== | + | ====3.1 结构导入与参数设置==== |
| {{ : | {{ : | ||
| 此处读入最后一步结构筛选生成的*.results/ | 此处读入最后一步结构筛选生成的*.results/ | ||
| 行 135: | 行 143: | ||
| 保存并运行作业。 | 保存并运行作业。 | ||
| - | ====结果查看==== | + | ====3.2 结果查看==== |
| SCM → Spectra： | SCM → Spectra： | ||
adf/confomer.1686746892.txt.gz · 最后更改: 2023/06/14 20:48 由 liu.jun