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adf:bondorderofmovie

AMSInput与Movie中的键级区别

在AMSinput中的键级,未经计算,因此其键级是图形窗口根据简单的价电子规则而猜测出来的。

在Movie中的键级是经过计算的,因此鼠标选中两个原子,窗口左下角则会显示两个原子之间的键级。如果是用ADF/BAND/DFTB计算的,则显示的键级为Mayer键级,如果是ReaxFF计算的,则显示为ReaxFF所使用的A.C.T. van Duin et al ,J. Phys. Chem. A 2001 , 105, 9396-9409中定义的键级。

Movie根据键级信息,对轨迹的每一帧进行分子种类、数量分析,从检测体系中有哪些分子,从而可以在Movie中可视化。例如,我们可以隐藏所有的O2:MD Properties → Molecules,取消O2在SHow列的勾选框即可。

键级分析的结果是实数,如果计算的键级在0.6和1.2之间,则显示单键。因此,键可视化和分子检测都应该谨慎,尤其是当分子靠近并相互作用时,例如两个随机快速接近的O2分子,接触瞬间是键合的(可能是虚线半键),这一瞬间会被检测为O4分子。

adf/bondorderofmovie.txt · 最后更改: 2024/02/05 13:28 由 liu.jun

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