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adf:bondbrokedn

低温弛豫发生化学键的断键/成键

1,自由基的情况:包含自由基的体系,基本上没有办法正常弛豫,因为自由基参与的反应,大多数都是没有能垒的,所以弛豫时无论温度多低,即使改成结构优化,它也会发生反应。因此自由基的反应,一般可能没有办法弛豫,只能由随机堆叠的起始结构直接进行MD模拟,堆叠时注意分子间距足够大即可。

2,避免误读:AMS图新窗口显示周期性体系时,只显示一个周期的Cell内的原子,越过边界的原子,属于相邻的Cell,就不再显示。但由于周期边界条件的存在,因此越过边界的原子,实际上会在当前这个Cell的相反方向进入,例如: 这是一个纯的苯体系,左上角的苯环看似断开了,但“断开处”的原子伸出去一个棍,表示还连接着相邻周期的原子,但是因为那个原子属于另外一个周期,因此不显示。在Cell的底部同样的位置,实际上进入的部分,就是左上方伸出去的那一部分。

3,最简单的判断弛豫是否发生反应的方法:在Movie → MD properties → molecules,看看列表里面有没有新的成分,来判断有没有成断键。

4,如果真的有分子键断裂,内部断键,那应该算作是有新物质生成的,那么需要考虑:在弛豫的温度下,这个物质是否稳定?如果稳定,那就表示这个力场不能很好描述这个物质。倘若不是力场的问题,那无比检查断键处,是如何发生断键的,回溯动画过程,看看是不是初始结构不合理造成的。

adf/bondbrokedn.txt · 最后更改: 2023/02/21 10:29 由 liu.jun

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