adf:bondboost
差别
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| 两侧同时换到之前的修订记录前一修订版后一修订版 | 前一修订版 | ||
| adf:bondboost [2022/03/04 21:34] – [基于4种Region定义Bond Boost参数] liu.jun | adf:bondboost [2022/05/06 19:50] (当前版本) – [基于4种Region定义Bond Boost参数] liu.jun | ||
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| 行 65: | 行 65: | ||
| **Bond Boost参数：** | **Bond Boost参数：** | ||
| - | * Bond Boost lifetime，指Restraints作用持续多长？这里设置成了3万步，一般可以设置为2000或3000。该时间结束后，才会再次检测是否有符合条件的环、链（环、链含义见下文），以施加Restraints。因此该值设置的较大，则Bond boost工作频率就比较低。 | + | * Bond Boost lifetime，指每次Restraints作用持续步数上限。这里设置成了3万步，一般可以设置为2000或3000。该时间结束后，会再次检测是否有符合条件的环、链（环、链含义见下文），以施加Restraints。因此该值设置的较大，则Bond boost工作频率就比较低。 |
| * Number of instance，指同时施加Restraints的环、链数（参看下文后有助于理解此处），该数值设置越大，计算速度越慢。 | * Number of instance，指同时施加Restraints的环、链数（参看下文后有助于理解此处），该数值设置越大，计算速度越慢。 | ||
| 行 78: | 行 78: | ||
| * R< | * R< | ||
| * 类似地，环、链条件满足时，2~3之间会产生外加推力，因为底部2~3的目标键长是2.5，比R< | * 类似地，环、链条件满足时，2~3之间会产生外加推力，因为底部2~3的目标键长是2.5，比R< | ||
| - | * 后面两个数值也是力大小公式中的数值，其中一个是正比项，另一个是指数项。公式参考：https:// | + | * 后面两个数值也是力大小公式中的数值，其中F∞是正比项，k是指数项，调整F∞可以线性的调整力的大小。公式参考：https:// |
| * **<color red> | * **<color red> | ||
adf/bondboost.1646400867.txt.gz · 最后更改: 2022/03/04 21:34 由 liu.jun