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adf:bondboost [2022/03/04 20:25] – [基于4种Region定义Bond Boost参数] liu.jun | adf:bondboost [2022/05/06 19:50] (当前版本) – [基于4种Region定义Bond Boost参数] liu.jun | ||
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行 64: | 行 64: | ||
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- | 注意: | + | **Bond Boost参数:** |
- | * Bond Boost lifetime,指该每次作用多长时间?这里设置成了3万步,一般可以设置为2000或3000。 | + | * Bond Boost lifetime,指每次Restraints作用持续步数上限。这里设置成了3万步,一般可以设置为2000或3000。该时间结束后,会再次检测是否有符合条件的环、链(环、链含义见下文),以施加Restraints。因此该值设置的较大,则Bond boost工作频率就比较低。 |
- | * Number of instance,指同时加速反应的个数。 | + | * Number of instance,指同时施加Restraints的环、链数(参看下文后有助于理解此处),该数值设置越大,计算速度越慢。 |
- | * 本例中,这些“原子对”的选择是循环、首尾相连的:1~2、2~3、3~4、4~1。但实际上也可以是键链,例如1~2、2~3、3~4。系统会监测这些环或者链的实际情况,如果发现有符合设置条件(在R< | + | |
+ | **Atom types with region参数:** | ||
+ | * 本例中,这些“原子对”是循环、首尾相连的“环”:1~2、2~3、3~4、4~1。但也可以是“链”,例如1~2、2~3、3~4。系统会监测环或者链相关“原子对”的实际距离,如果发现设定的几组R< | ||
* 本例中,定义的是环,因此5即1。 | * 本例中,定义的是环,因此5即1。 | ||
- | 然后设置具体的力的大小,以及方向(推/ | + | **Restraints参数:** |
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- | * R< | + | * R< |
* 类似地,环、链条件满足时,2~3之间会产生外加推力,因为底部2~3的目标键长是2.5,比R< | * 类似地,环、链条件满足时,2~3之间会产生外加推力,因为底部2~3的目标键长是2.5,比R< | ||
- | * 后面两个数值也是力大小公式中的数值,其中一个是正比项,另一个是指数项。公式参考:https:// | + | * 后面两个数值也是力大小公式中的数值,其中F∞是正比项,k是指数项,调整F∞可以线性的调整力的大小。公式参考:https:// |
- | * **<color red>注意:Restraints定义的原子对,不需要与上面定义的环、链顺序一致,甚至可以没有任何关系。例如环定义为1~2,2~3,3~4,4~1,Restraints也可以直接施加到2~4上。</ | + | * **<color red> |
+ | 用户可以设置多组Bond boost,例如,一个键链搭配一个Restraints,一个键环搭配另一个Restraints。数量没有限制。 | ||
=====一般性分子动力学参数设置===== | =====一般性分子动力学参数设置===== | ||
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